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HBsAb滴度高于10000mU/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征分析
  • ISSN号:1000-484X
  • 期刊名称:中国免疫学杂志
  • 时间:2015
  • 页码:300-303
  • 分类:R392.33[医药卫生—免疫学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]遵义医学院附属医院检验科,遵义563003, [2]遵义医学院免疫教研室,遵义563003
  • 相关基金:本文受国家自然科学基金(31160195)和973前期项目基金(2008CB517310)资助.
  • 相关项目:Roche 454 高通量测序TCR&BCR CDR3受体库实验技术和数据分析平台的建立及在SLE中的初步应用研究
中文摘要:

目的:分析HBs Ab滴度〉10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台行Illumina Solexa高通量测序,用IMGT数据库中的High V-QUEST软件初步分析BCR CDR3受体库IGHV、IGHJ和IGHD基因亚群的分布情况、IGHV-J配对取用情况、CDR3区氨基酸长度分布及氨基酸取用情况,并与NCBI数据库中HBs Ab序列进行比对。结果:实验样本均高频取用基因亚群IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6,IGHD3、IGHD6;高频取用配对IGHV3-J4、IGHV3-J6。CDR3区氨基酸长度均以14及15个氨基酸长度为中线呈正态分布,高频取用的氨基酸依次为Y、G、D、A、R、S,在107、108、109、113、114位点呈现氨基酸多样性取用,在105、106、115、116、117位点上取用氨基酸保守。与NCBI数据库中HBs Ab序列比对,得到IGHV、IGHJ、CDR3氨基酸长度完全一致的独特序列共48条。结论:HBs Ab滴度高于10 000m IU/ml样本BCR CDR3受体库的组成具备基本一致的特征,获得的48条独特序列为维持后续研究提供了坚实的数据基础。

英文摘要:

Objective:To acquire potential HBsAb sequences, we have analyzed the BCR CDR3 repertoire of the peripheral blood with HBsAb titer higher than 10 000 mU/ml, which could provide a data basis for follow-up study. Methods : Genomic DNA of pe- ripheral blood mononuclear cells was extracted from samples with HBsAb titer higher than 10 000 mU/ml. We have adopted Illumina Solexa high-throughput sequencing technology of the Adaptive Biotechnologies ImmunoSEQ platform to acquire sequence data. IMGT/ High V-QUEST was used to preliminary analyze our sequence data,including usage of IGHV,IGHJ and IGHD gene subgroups, IGHV-J matching, distribution of CDR3 amino acid (AA) length and usage of total CDR3 AA. And these sequences were compared with the HBsAb sequences from NCBI database. Results:Experimental samples have highly selected gene subgroups IGHV3, IGHV4, IGHJ4, IGHJ6, IGHD3, IGHD6, and IGHV3-J4 pairing, IGHV3-J6 pairing. The AA length distributions of CDR3 region were normal distribution with the length of 14/15 AA as the midline. In the regard to amino acid usage in CDR3 region, each sample prior used Alanine, Tyrosine, Glycine, Alanine ,Aspartic acid and Serine. The amino acid usages of 107,108,109,113,114 positions were diversified but 105,106,115,116,117 positions taking conservative amino acids usages. We have found 48 unique sequences that have same IGHV, IGHJ and CDR3 AA length with the HBsAb sequences from NCBI database. Conclusion:There were almost the same characteristics of BCR CDR3 repertoire of the peripheral blood with HBsAb titer higher than 10 000 mU/mL The 48 unique sequences provided a solid data basis for the follow-up study.

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期刊信息
  • 《中国免疫学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国免疫学会 吉林省医学期刊社
  • 主编:田志刚
  • 地址:长春市建政路971号
  • 邮编:130061
  • 邮箱:zhmizazh@126.com
  • 电话:0431-88925027
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-484X
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1126/R
  • 邮发代号:12-89
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,2007年获吉林省新闻出版局期刊精品奖,2006年获中国科协精品期刊资助项目,2004年获首届北方八省优秀期刊奖,2003年中国免疫学杂志荣获第二届国家期刊奖(百种...,2001年中国免疫学杂志成为首批进入"中国期刊方阵"...,获1994年吉林省十佳期刊提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:20795