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Roche 454 高通量测序TCR&BCR CDR3受体库实验技术和数据分析平台的建立及在SLE中的初步应用研究
  • 项目名称:Roche 454 高通量测序TCR&BCR CDR3受体库实验技术和数据分析平台的建立及在SLE中的初步应用研究
  • 项目类别:地区科学基金项目
  • 批准号:31160195
  • 申请代码:C0807
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2012-01-01-2015-12-31
  • 项目负责人:姚新生
  • 负责人职称:教授
  • 依托单位:遵义医学院
  • 批准年度:2011
中文摘要:

TCR&BCR CDR3受体库的解析一直是研究T&B细胞生理/病理的基础和核心内容之一,09年前Immunoscope等技术分析CDR3受体库被广泛应用,但获得的数据量有限和易出现偏差。现高通量测序使得分析每个样本中总CDR3基因组成和分子特征成为可能! 本项目在前期CDR3谱系研究基础上, 拟率先建立Roche454 GS FLX高通量测序人与小鼠TCR&BCR CDR3受体库完整的实验技术和数据分析平台,并对正常人、Balb/c和SLE模型小鼠(中枢和外周)、SLE患者中的CD4+CD25+Treg、非CD4+CD25+总T细胞TCR beta链和B细胞Ig G、Ig M 重链的CDR3受体库进行全面、动态测序,对比分析各样本CDR3受体库组成和特征。为T&B细胞CDR3受体库的基础和应用研究提供强有力的新技术平台;为SLE的免疫发病机制和个体化诊治提供共享数据及新的思路和手段。

结论摘要:

本研究按国家自然科学地区基金计划书(47万元)执行。项目背景TCR&BCR CDR3受体库的解析是研究T&B细胞生理和病理的基础与核心, 2009年前,主要采用“免疫指纹技术”等来监测CDR3谱系的偏向、CDR3区共同“motif” 、public和private CDR3区组成、结合PCR产物的测序分析CDR3区的基因和氨基酸特征。免疫指纹和克隆测序获得的数据量有限并易出现偏差,随着高通量测序技术(HTS)的发展和研究成本的大幅度降低,使得从每个样本中测序T&B 细胞所有CDR3基因成为可能。主要研究内容本项目在前期研究基础上(申请者自2003年开始研究TCR CDR3谱系),拟在实验室率先建立Roche 454 GS FLX和illumina 的HTS健康志愿者和正常小鼠T细胞TCR beta链和B细胞BCR 重链的CDR3受体库的技术和数据分析平台,并拟初步在SLE模型小鼠SLE患者中的T&B细胞CDR3受体库进行动态监测,为T&B细胞CDR3受体库的生理、病理状态下应答机制和特征等研究提供强有力的新技术平台,为SLE的免疫发病机制和个体化诊治提供共享数据库及新的思路和手段。重要结果、关键数据及其科学意义 1 项目已完成人和小鼠T&B 细胞CDR3受体库的样本制备、建库、HTS测序、生物信息学分析流程等平台的建立,并获得正常生理情况下人和小鼠T&B 细胞CDR3受体库基础数据(每个样本获得100-1000万条CDR3序列)。为研究T&B发育成熟过程中TCR/BCR 重排机制以及假基因、功能性基因、ORF等的表达功能研究提供详细的基因序列特征依据,为研究T&B 细胞CDR3受体库在病理情况下的变化提供新的研究方法和技术,以及可对比分析的庞大的CDR3数据库。 2 项目已完成SLE模型小鼠不同疾病阶段下,中枢和外周T&B 细胞CDR3受体库的动态监测和对比分析;完成SLE志愿患者,在大剂量糖皮质激素冲击治疗前后,外周血T&B 细胞CDR3受体库和激素的抑制作用、SLE自身免疫应答水平等关系研究,项目可为SLE的机制和个体化治疗等提供基础。 3 项目初步将建立的BCR 重链CDR3的HTS 平台应用于HBV感染高应答个体和HBV疫苗有效接种志愿者的B细胞应答特征研究,为开展T&B 细胞CDR3受体库的技术平台在其感染等病理状态下的应用提供可行性。


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
  • 9
  • 1
  • 0
  • 0
  • 0
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