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多维离子交换色谱分离和串联质谱鉴定在小鼠肝脏膜蛋白质组分析中的应用
  • ISSN号:1000-8713
  • 期刊名称:色谱
  • 时间:0
  • 页码:115-122
  • 语言:中文
  • 分类:O658[理学—分析化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]中国科学院北京基因组研究所,北京101318, [2]北京华大蛋白质研发中心有限公司,北京101318
  • 相关基金:国家高技术研究与发展计划(“863”计划)项目(No.2006AA02A308); 国家自然科学基金项目(No.30700378)
  • 相关项目:小鼠糖尿病db/db模型中3-氧酸辅酶A 转移酶的酪氨酸硝基化修饰
中文摘要:

膜蛋白质在变性剂作用下能够较充分地溶解。根据这一特点,我们试图在变性剂溶液中采用串联离子交换色谱法分离小鼠肝脏膜蛋白质。将小鼠肝脏膜蛋白质溶解于含有4mol/L尿素,20mmol/L三羟甲基氨基甲烷(Tris)-盐酸缓冲液(pH9.0)中,用Q-SepharoseFF和SephacrylS-200HR树脂组成的色谱柱结合大部分溶解的膜蛋白质,然后采用氯化钠线性梯度洗脱蛋白质,分步收集后采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)进一步分离洗脱组分的蛋白质。利用胶内胰蛋白酶消化技术将SDS-PAGE胶内分离的蛋白质降解为相应的肽段,然后以反相高效液相色谱分离和离子阱质谱仪鉴定肽段。根据文献报道和蛋白质的功能分类,在所鉴定的392个蛋白质中有306个可能为膜蛋白质或膜结合蛋白质。蛋白质的疏水性计算表明,GRAVY(grandaverageofhydropathicity)得分大于或等于0.00的蛋白质有83个。综上所述,我们有理由认为本实验方法基本符合小鼠肝脏膜蛋白质组学研究的要求。

英文摘要:

The analysis of membrane proteins is still a technical obstacle in proteomic investigation.A fundamental question is how to allow the hydrophobic proteins fully solubilizing in a proper solvent environment.We propose that the denatured membrane proteins in high denaturant solution are fully ionized and separated through ion exchange chromatography.The membrane proteins prepared from a mouse liver were dissolved in 4 mol/L urea,20 mmol/L Tris-HCl buffer(pH 9.0),and loaded onto a tandem chromatography coupled with Q-Sepharose FF and Sephacryl S-200HR.With a linear NaCl gradient elution,the bound proteins were eluted and collected followed by sodium-dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis(SDS-PAGE) to further separate the eluted proteins.The protein bound on SDS-PAGE were excised and in-gel digested by trypsin,while the digested peptides were delivered to reversed-phase high performance liquid chromatography(HPLC) and ion-trap mass spectrometry for the peptide identifications.Of a total of 392 proteins identified,306 were membrane proteins or membrane associated proteins reported by literature.Based on the calculation of hydrophobicity,the GRAVY(grand average of hydropathicity) scores of 83 proteins are over or equal to 0.00.Taking all the evidence,we have established an effective approach which is feasible in the investigation towards mouse liver membrane proteomics.

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期刊信息
  • 《色谱》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院大连化学物理研究所
  • 主编:张玉奎
  • 地址:大连市中山路457号
  • 邮编:116023
  • 邮箱:sepu@dicp.ac.cn
  • 电话:0411-84379021
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-8713
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1185/O6
  • 邮发代号:8-43
  • 获奖情况:
  • 1998年获中国科学院科学出版基金择优支持(1998-2...,2001年获第四届中国科学院优秀期刊二等奖,2002年获第三届中国科协优秀期刊三等奖,连续多年被评为辽宁省一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:26730