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H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树
  • ISSN号:1673-1689
  • 期刊名称:《食品与生物技术学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程] O29[理学—应用数学;理学—数学]
  • 作者机构:江南大学理学院,江苏无锡214122
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(11371174);中央高校基本科研业务费专项(JUSRP51317B).
中文摘要:

为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16 444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法构建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的进化树及算法研究。试验结果表明:H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,且分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。因此这种基于大数据处理的新方法能有效揭示流感病毒的进化关系,为进一步研究流感病毒的变异、进化与预测奠定了基础。

英文摘要:

The goal of this paper is to propose a new method for constructing evolutionary tree of H1N1 flu viruses in order to reveal the relationship between the molecular variation of H1N1 and epidemics. First,based on the 22455 HA and 16444 NA protein sequence data of H1N1 flu viruses from 1902 to 2013 years,the similarity index of protein sequences was constructed by using inner product of their eigenvectors. Then,the coarse-graining similar information of data was extracted by applying the complete graph clustering based on the similarity index of protein sequences. Finally,the evolutionary tree for HA and NA protein sequences of H1N1 flu viruses was studied by using the structure clustering method based on fuzzy proximity relations. Test results shown that the mutation of the H1N1 viruses was not only closely related to its outbreak time,but also to the outbreak regions and the geographical distances among the distribution regions,and the closer distance between the geographical distribution and the outbreak of the H1N1 viruses,the higher similarity degree of of the H1N1 viruses. Therefore,the new method based on the large data processing can effectively reveal the evolutionary relationship of H1N1 flu viruses,and can provide a foundation for further study of the mutation,evolution and prediction of flu viruses.

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期刊信息
  • 《食品与生物技术学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:江南大学
  • 主编:金征宇
  • 地址:江苏无锡蠡湖大道1800号江南大学蠡湖校区
  • 邮编:214122
  • 邮箱:zzs@jiangnan.edu.cn spyswjs@163.com
  • 电话:0510-85913526
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-1689
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1751/TS
  • 邮发代号:28-79
  • 获奖情况:
  • 全国轻工类中文核心期刊,全国食品工业类中文核心期刊,江苏省优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘
  • 被引量:9171