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产左聚糖枯草芽孢杆菌的突变选育及多糖产物的生物物理分析
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:基因组学与应用生物学
  • 时间:2012.12.12
  • 页码:567-573
  • 分类:Q518.2[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]广西大学数学与信息科学学院,广西南宁530004, [2]广西科学院,广西南宁530007, [3]广西大学生命科学与技术学院,广西南宁530004
  • 相关基金:国家973项目2009CB724703,国家自然科学基金31060125资助.
  • 相关项目:蔗糖磷酸化酶转糖苷反应中与受体特异性相关的氨基酸残基的研究
中文摘要:

统计有效能函数(Statistical effective energy function(SEEF))又称统计势能函数,来源于对已知蛋白质结构数据库进行的统计分析。近年来Dehouck—Gilis—Rooman(DGR)小组通过将蛋白质结构的总体统计势能分解成低阶的势能项之和,提出了一种新型的统计势能函数,这种势能函数由有限个可加和的项组成。我们试图对这种势能函数进行简化,即通过诱导蛋白质数据库选择尽可能少的势能项,而且这些势能项的加和可满足一定的性能要求。结果我们得出了六组势能项组合,其性能可和DGR小组得出的势能项组合相媲美,但其势能项数目却大大减少,完全可用于蛋白质结构预测。

英文摘要:

Statistical effective energy function (SEEF) is derived from the statistical analysis of the database of known protein structures. Dehouck-Gilis-Rooman (DGR) group has recently created a new generation of SEEF in which the additivity of the energy terms was manifested by decomposing the total folding free energy into a sum of lower order terms. We tried to optimize the potential function based on their work. By using decoy datasets as screening filter, six new combinations of the energy terms were found to be comparable to DGR potential in perform- ance test.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299