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中国西南地区甘薯主要育种亲本的遗传多样性及群体结构分析
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S635.1[农业科学—蔬菜学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]西南大学农学与生物科技学院,重庆400716, [2]重庆市甘薯工程技术研究中心,重庆400716
  • 相关基金:国家自然科学基金(31101192); 重庆市应用开发计划项目重点项目(cstc2013yykf B80010); 中央高校基本科研业务费专项资金项目(XDJK2014B038,XDJK2012C102,2362015xk05); 重庆市社会事业与民生保障科技创新专项(cstc2015shms-ztzx0121,cstc2015shms-ztzx0128); 重庆市自然科学基金重点项目(cstc2012jj B80009,cstc2013jj B80006)
中文摘要:

【目的】探究中国西南地区主要甘薯育种亲本材料的遗传多样性和群体结构,为甘薯亲本材料的保存和利用、甘薯分子标记辅助选择提供参考依据。【方法】利用61个SSR分子标记、13个农艺性状和6个品质性状,对82份中国西南地区主要甘薯育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用NTSYS-pc 2.10数据处理软件,分别根据SSR分子标记数据、品质性状、农艺性状计算82份亲本材料的Nei72遗传距离矩阵。利用Mega 6.06数据处理软件,计算82份材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的平均遗传距离。利用NTSYS-pc 2.10软件,对供试材料基于SSR标记、品质性状和农艺性状的遗传距离矩阵进行相关性分析。根据遗传距离矩阵,利用Mega6.06软件分别对82份亲本材料进行基于品质性状的类平均法(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)聚类分析、基于SSR分子标记的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)聚类分析和基于农艺性状的类平均法(UPGMA)聚类分析。根据SSR分子标记数据,利用STRUCTURE 2.4对82份供试材料进行群体结构分析。【结果】61对SSR引物共检测出405条多态性谱带,其中,每对引物获得1—17条多态性谱带,平均每对引物检测出6.64条多态性谱带。82份亲本材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的Nei平均遗传距离分别为0.3499、0.2210和0.0270。基于SSR分子标记的邻接法(NJ)聚类分析将82份材料聚为7个类群。基于农艺性状、品质性状的类平均法(UPGMA)聚类分析均可将82份材料划分为一个较大的类群和三个较小的类群,但基于农艺性状和品质性状的聚类分析结果差异较大。基于SSR分子标记、品质性状和农艺性状的聚类分析均能将供试材料中来自不同地区的材料聚为同一类群,表明不同地理来源的供试材料间没有明显的遗传差异。遗传距离矩阵之间的相关性分析表明,基于SSR标记、

英文摘要:

[Objective] To provide a reference for the conservation and application of breeding parentallines resource, as well as molecular assistant selection (MAS) in sweet potato (lpomoea batatas), a comprehensive analysis of genetic diversity and population structure analysis of the main sweetpotato breeding parentallines in southwest China was performed. [Method] Genetic diversity of 82 main sweet potato breeding parents in southwest China was evaluated by using 61 sample sequence repeats (SSR) markers, 13 agronomic traits and 6 quality traits. The Nei72 genetic distance matrices of 82 tested sweet potato breeding parents were generated based on SSR markers while quality trait and agronomy trait were assessed using NTSYS-pc version 2.10. The mean genetic distance of the tested sweet potato breeding parents based on SSR marker, quality trait and agronomy trait were generated by using Mega version 6.06. Mantel test among genetic distance matrices generated based on SSR marker, quality trait and agronomic trait were conducted by using NTSYS-pc version 2.10. The unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) cluster analysis of 82 sweetpotato breeding parents based on quality trait, Neighbor-Joining (N J) cluster analysis based on SSR marker and UPGMA cluster analysis based on agronomy trait were performed by using Mega version 6.06. Meanwhile, the population structure of 82 sweet potato genotypes was determined based on polymeric data generated by SSR markers using STRUCTURE version 2.4. [Result] 405 polymorphic loci were detected using 61 SSR markers with a mean of 6.64 alleles per primer pair. The number of polymorphic loci obtained from each primer pair ranged from 1 to 17. The SSR marker, quality trait and agronomic trait-based mean Nei's genetic diversity of tested sweet potato breeding parents was 0.35, 0.22 and 0.03, respectively The tested 82 sweet potato genotypes could be divided into 7 subgroups based on NJ clustering using SSR markers. This same sweet potato collection could b

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620