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溶藻弧菌质粒pVAE259全序列测定与分子生物学特征分析
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:微生物学报
  • 时间:0
  • 页码:162-168
  • 语言:中文
  • 分类:Q938[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]中国科学院南海海洋研究所,中国科学院海洋生物资源可持续利用重点实验室,广东省应用海洋生物学重点实验室,广州510301
  • 相关基金:国家“973项目”(2006CBl01803);国家自然科学基金(30700016)
  • 相关项目:华南沿海弧菌群落分子监测及致病弧菌重要毒力基因在环境弧菌株间分布研究
中文摘要:

【目的】获得溶藻弧菌环状质粒pVAE259全序列,分析其分子生物学特征并探索该质粒可能具备的功能。【方法】使用酶切、克隆测序的方法获得pVAE259的全序列,利用软件分析DNA序列和可能的编码蛋白,推测质粒的生物学信息。【结果】pVAE259为闭合环状质粒,全长6,075bp,GC含量为42.16%。在NCBI中比对发现pVAE259与Vibriosp.41隐蔽性质粒pPS41具有较高的相似性。我们在序列中找到一个oriT位点,另外全序列的4118—5494bp推测为质粒复制区域。pVAE259中存在7个氨基酸序列长度大于100的开放式阅读框(ORF):ORF1-ORF7。其中ORF1编码蛋白属于释放酶超级家族(Relaxase Super—family)蛋白,在NCBI数据库中它与大肠杆菌(Escherichia coli)的MobA—like蛋白最相似;ORF2编码蛋白属于复制酶超级家族(Replicase Super—family),它与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)的复制蛋白RepA最相似;ORF5与伸长盐单胞菌(Halomonas elongata)质粒pilE1的转移蛋白MobC相似。【结论】根据上述结果及相关文献分析,pVAE259可能是具有转移能力的质粒,该质粒是否影响宿主菌的表型性状还不清楚。

英文摘要:

[ Objective] To obtain the complete nucleotide sequence of the plasmid pVAE259 from Vibrio alginolyticus, to analyze molecular characteristic of the plasmid, and to explore its potential function. [Methods] We got the whole sequence of pVAE259 by the steps including of enzyme digestion, cloning, analysis of the acquired sequence and putative encoded protein using the softwares followed by speculation of its potential biological function. [ Results] pVAE259 was a covalently closed circular plasmid. The complete sequence consists of 6075 bp in length, with a 42.16% GC content, and it is similar to the crytic plasmid pPS41 of Vibrio sp. 41. There is an origin of transfer (oriT) region in the sequence and a replication region located in the part from 4118 to 5494 bp. Seven open reading frames that longer than one hundred amino acids were found in pVAE259, ORF1-ORF7. The protein encoded by ORF1 should be classed into the members of relaxase superfamily, which is closest related to the MobA-like protein of Escherichi coil The protein encoded by ORF2 should be classed into the members of the replicase superfamily, which is closest related to the protein RepA of Stenotrophomonas maltophilia. The protein encoded by ORF5 is similar to the protein MobC in the plasmid pilE1 of Heliamphora longata. [ Conclusion I The plasmid pVAE259 might have the ability to transfer between different bacterial strains.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
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  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
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  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
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  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879