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基于分组重量编码的蛋白质功能预测
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:0
  • 页码:229-234
  • 语言:中文
  • 分类:Q71[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]国防科技大学计算机学院,湖南长沙410073, [2]国防科技大学理学院,湖南长沙410073
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(N0.60603054).
  • 相关项目:高性能并行计算环境下蛋白质相互作用网络的模式解析与功能预测
中文摘要:

从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。

英文摘要:

From protein sequences,the encoding method of EBGW(Encoding Based on Grouped Weight)is applied to protein function prediction associated with the nearest neighbor algorithm.By analyzing the 1 826 Sacchammyces cerevisiae proteins,the average speciflcity precision is 83%.While the dataset is the same,this average speciflcity precision of this method is 11% higher than the Global optimization method.The experiment results show that the method of this paper is efficient to assign function to the unknown proteins.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292