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苏云金芽孢杆菌新基因cry1 Ab17的克隆和生物信息学
  • ISSN号:1006-687X
  • 期刊名称:《应用与环境生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q968[生物学—昆虫学] S476.11[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室, [2]福建农林大学生命科学学院,福州350002
  • 相关基金:国家高技术研究发展计划(2002AA245011)和国家自然科学基金项目(30571257)资助
中文摘要:

利用高效克隆PCR产物的专用载体pMD18-T,直接从苏云金芽孢杆菌WB9的PCR产物中克隆了cry1 Ab17新基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号为AY646166)由3471个碱基组成,其编码的蛋白质含有1156个氨基酸残基,其中亲水性氨基酸占30.8%,疏水性氨基酸占45.2%,酸性氨基酸占12.9%,碱性氨基酸占11.1%.氨基酸序列的同源性分析结果表明,Cry1 Ab17蛋白与已报道的Cry1Ab蛋白同源性为95.4%-99.7%,该蛋白的4个氨基酸残基——Pro170、Gly449、Gly796和Gly863与其它已报道Cry1Ab蛋白相应位置的氨基酸残基均不同.在核苷酸序列和氨基酸序列多重比较的基础上,应用PAUP4.0构建了Cry1A蛋白家族的系统发育树。SignaIP分析结果显示,Cry1 Ab17蛋白中不含信号肽序列.此外,对Cry1 Ab17蛋白的二级结构和3个结构域也进行了预测和分析.图4表2参15

英文摘要:

A new gene, cry1Ab17 was cloned from Bacillus thuringien.6s WB9 by PCR with pMD18-T vector. Nucleotide sequences of cry1Ab17 were registered in GenBank with accession No. AY646166. It consists of 3 471 bases, which encoded a protein of 1 156 amino acids residues with 30.8% of hydrophilic amino acids, 45.2% of hydrophobic amino acids, 12.9% of acidic amino acids and 11. 1% of basic amino acids. The deduced amino acid sequence of Cry1Ab17 showed 95.4% to 99.7% identity with those of the known Cry1 Ab proteins. Four residues ( Pro170, Gly449, Gly796 and Gly863 ) of Cry1 Ab17 were found different from those of the respective corresponding position in all known Cry1Ab proteins. On the basis of the multiple alignment of the nucleotide and amino acid sequences of Cry1Aa, Cry1Ac, Cry1 Ad, Cry1Ae, Cry1Ag and Cry1Ab, a phylogenetic tree was constructed using PAUP 4.0. SignalP analysis revealed that no signal peptide was found in Cry1Ab17. In addition, the secondary structure and three domains of Cry1Ab17 were also predicted and analysed. Fig 4, Tab 2, Ref 15

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期刊信息
  • 《应用与环境生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院成都生物研究所
  • 主编:吴宁
  • 地址:成都市人民南路4段9号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:biojaeb@cib.ac.cn
  • 电话:028-82890917
  • 国际标准刊号:ISSN:1006-687X
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1482/Q
  • 邮发代号:62-15
  • 获奖情况:
  • 中国农业期刊金犁奖学术类一等奖(2006),* 中国期刊方阵双效期刊(2002年),* 四川省第二届优秀期刊(2000年),* 四川省一级学术期刊(1998年)
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:23016