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一种高效提取焦化废水活性污泥总DNA的方法
  • ISSN号:0253-2468
  • 期刊名称:《环境科学学报》
  • 时间:0
  • 分类:X703[环境科学与工程—环境工程]
  • 作者机构:[1]广东药学院生命科学与生物制药学院,广州510006, [2]华南理工大学生物科学与工程学院,广州510006, [3]华南理工大学环境科学与工程学院,广州510006
  • 相关基金:国家高技术研究发展计划(863)项目(No.2006AA062378);国家自然科学基金资助项目(No.50278036)
中文摘要:

对焦化废水活性污泥中微生物建立高质量的总DNA提取方法是开展分子生态学研究的重要前提.通过反复冻融-蛋白酶K-SDS、溶菌酶-反复冻融-SDS及溶菌酶-反复冻融-蛋白酶K-SDS这3种综合方法对焦化废水活性污泥总DNA进行提取,以OD260/OD280、OD260/OD230、产率、片段完整性、片段大小5个指标来评价样品总DNA的提取效果.结果表明,溶菌酶-反复冻融-蛋白酶K-SDS法所提取的总DNA的OD260/OD280值约为1.8,产率为1.90~16.30μg.g-1,片断完整性好,主带清晰,大小约为23kb,其PCR反应抑制物少,能够直接进行16SrRNA基因的PCR扩增.溶菌酶-反复冻融-蛋白酶K-SDS法能够为焦化废水活性污泥中微生物的分子生态学研究提供高质量的总DNA.

英文摘要:

Development of an efficient method to extract high quality total DNA from activated sludge of coking wastewater is a prerequisite for understanding its molecular microbial ecology.In this study,three methods with different combinations of extraction steps(i.e.,Freezing and Thawing-Protease K-SDS,Lysozyme-Freezing and Thawing-SDS,and Lysozyme-Freezing and Thawing-Protease K-SDS)for extracting total DNA from activated sludge were compared.The extraction efficiency of total DNA was evaluated by the yield,purity,size,and integrity of the DNA fragments.The effect of PCR inhibitors on the extraction efficiency of total DNA was also investigated.The results showed that Method Ⅲ(Lysozyme-Freezing and Thawing-Protease K-SDS)was the most efficient extraction method.The DNA yields ranged from 1.90 μg·g-1 to 16.30 μg·g-1.The OD260/OD280 ratio was about 1.8 and the size of the extracted DNA was 23 kb.The total DNA extracted with Method Ⅲ can be directly applied to PCR amplification of 16S rRNA.These results indicate that Method Ⅲ efficiently provides high quality total DNA from activated sludge of coking wastewater,which allows study of the bacterial community structure and diversity.

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期刊信息
  • 《环境科学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生态环境研究中心
  • 主编:汤鸿霄
  • 地址:北京2871信箱
  • 邮编:100085
  • 邮箱:hjkxxb@rcees.ac.cn
  • 电话:010-62941073
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2468
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1843/X
  • 邮发代号:82-625
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰地学数据库,荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:56074