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BoxCox变换对数量性状基因座位检测效率的影响
  • ISSN号:1000-2006
  • 期刊名称:南京林业大学学报(自然科学版)
  • 时间:0
  • 页码:35-38
  • 分类:S722[农业科学—林木遗传育种;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室,南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建重点实验室,江苏南京210037
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30971609); 国家林业局林业公益性行业科研专项(200904002)
  • 相关项目:杨树基因组未定位序列骨架的染色体组装
作者: 尹佟明|
中文摘要:

数量基因位点(quantitative trait loci,QTL)分析是利用图位法克隆控制数量性状主效基因的前提和基础。采用BoxCox公式进行数据正态转换对提高QTL分析效率有显著作用。笔者以杨树为实例显示了BoxCox公式在数据正态转变中的应用及数量性状表型分布对QTL分析的影响。结果发现,数据是否符合正态分布对发现控制数量性状的基因位点有显著影响。如果不对性状的表型值进行分布检测并进行正态转变,可能无法发现某些有显著效应的遗传位点。通过比对转化前后QTL分析的LOD值变化曲线得知,曲线变化的趋势在转化前后是一致的,曲线上各个小峰的位置也是稳定的,但转化后LOD峰值显著提高。如第4染色体上,转化前后LOD值变化曲线上在40~60、80~100及130~150cm区间均有3个独立峰值出现,数据转化后对应峰值升高,其中第1个峰的峰值约增加3倍,数据转化后该峰值LOD支持度达到了极显著水平,显示该位置存在一个控制该性状的较强的遗传位点。第8染色体上也出现相似的情况。

英文摘要:

Quantitative trait loci (QTL) analysis is the precondition and basis for positional cloning of major genes underlying quantitative traits. Normality transformation of quantitative trait data using BoxCox formula has significant effect on QTL detection. In this paper,a case study on poplar is carried out to demonstrate the application of BoxCox formula for normality transformation and the effect of data distribution on QTL analysis. The results are as followings: QTL detection is significantly affected by the data distribution. Without normality transformation,some significant QTLs may be missed. Similar variation trends are observed on the heat plots of LOD scores and LOD peaks are found to appear in the same positions in the charts established by LOD scores derived before and after the normality transformation. On chromosome 4,3 LOD peaks appear at 40—60 cm,80—100 cm and 130—150 cm intervals respectively both before and after transformation. However,the corresponding LOD peaks are found to increase to the significant level after transformation. Especially, the increment of the first peak is about 3 folds higher than that before BoxCox transformation,which means a relatively strong QTL in the corresponding position. The same scenario is also observed on chromosome 8 in this study.

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期刊信息
  • 《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:曹福亮
  • 地址:南京市龙蟠路159号南京林业大学学报编辑部
  • 邮编:210037
  • 邮箱:xuebao@njfu.edu.cn
  • 电话:025-85428247 85427076
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2006
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1161/S
  • 邮发代号:28-16
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学术期刊一等奖、江苏省自然科学学报...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21690