位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
基于氨基酸描述符SVHEHS的ACE抑制肽QSAR研究
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O621.2[理学—有机化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]江南大学食品科学与技术国家重点实验室,无锡214122, [2]上海海事大学信息工程学院,上海201306, [3]上海理工大学医疗器械与食品学院,上海200093
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.31101348); 上海市晨光计划项目(Nos.2008CG55 2009CG50); 江南大学食品科学与技术国家重点实验室开放课题资助课题(No.SKLF-KF-201106)资助项目
中文摘要:

收集20种天然氨基酸的457种理化性质,按照疏水、电性特征、氢键贡献和立体特征分类后,对它们分别进行主成分分析(Principal component analysis,PCA),得到一个新的氨基酸残基结构描述符SVHEHS.用该描述符分别对血管紧张素转化酶(Angiotensin Ⅰ converting enzyme,ACE)抑制二肽、三肽、四肽进行序列表征,并用来与生物活性建立偏最小二乘(Partial least square regression,PLS)模型.ACE抑制二肽、三肽、四肽模型的相关系数、交叉验证相关系数、均方根误差、外部验证相关系数分别为0.607,0.507,0.587,0.783;0.852,0.813,0.232,0.839;1,1,0,0.935.由此说明,采用SVHEHS描述符建立的PLS模型拟合、预测能力均较好,可用于血管紧张素转化酶抑制肽的定量构效关系研究.

英文摘要:

457 physicochemical properties indexes of 20 natural amino acids were collected and classified according to hydrophobic,electronic properties,hydrogen bonds contributions and steric properties.The new amino acid structure descriptor SVHEHS was obtained through principal component analysis of four panels of variables.The descriptor was used to characterize the structures of ACE inhibitory dipeptides,tripeptides and tetrapeptides,and partial least square regression(PLS) models with biological activities were achieved.The correlative coefficient(R2),the cross-validation correlative coefficient(Q2LOO),root mean square error(RMSE) and external validation correlative coefficient(Q2ext) of three models were 0.607,0.507,0.587,0.783;0.852,0.813,0.232,0.839;and 1,1,0,0.935,respectively.The results showed that the PLS models constructed by this descriptor had good fitting and predictive abilities,and could be used for quantitative structure activity relationship(QSAR) research of ACE inhibitory peptides.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694