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生物分子模拟中的静电计算
  • ISSN号:1001-246X
  • 期刊名称:计算物理
  • 时间:2015
  • 页码:127-159
  • 分类:O242[理学—计算数学;理学—数学] O244[理学—计算数学;理学—数学]
  • 作者机构:[1]科学与工程计算国家重点实验室中国科学院数学与系统科学研究院,北京100190
  • 相关基金:国家自然科学基金(91230106); 863“国家高技术研究发展计划”(2012AA020403)资助项目
  • 相关项目:生物分子模拟中的PDE模型与高效计算
中文摘要:

在分子尺度上对生物系统的研究主要通过模拟生物分子间的相互作用来完成.在众多的分子间相互作用中,静电相互作用及其重要,对它的定量计算是了解生物分子的溶剂化效应、生物分子折叠和酶催化作用等的一个中心课题.本综述着重介绍用于计算溶剂化效应的泊松-玻尔兹曼模型,包括模型的理论基础、发展历程、数值求解方法、及在分子生物学研究中的应用等.同时,也介绍泊松-玻尔兹曼模型的一种近似模型,广义玻恩模型.

英文摘要:

Biological systems could be investigated at molecular level by simulating interactions of molecules. Among various molecular interaction, electrostatic interaction is of central importance to understand solvation properties of biomolecules, and to explain solvation effects such as folding, binding, enzyme catalysis and so on. In this work, Poisson-Boltzmann model for biomolecular solvation calculation is reviewed, including background, development, theories, numerical calculations and applications in molecular biology. Besides, as an approximated model, generalized Born model is discussed.

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期刊信息
  • 《计算物理》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国核学会
  • 主编:朱少平
  • 地址:北京海淀区丰豪东路2号北京应用物理与计算数学研究所
  • 邮编:100094
  • 邮箱:jswl@iapcm.ac.cn
  • 电话:010-59872547 59872545 59872547
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-246X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2011/O4
  • 邮发代号:2-477
  • 获奖情况:
  • 1992年获“全优期刊”奖,《CAJ-CD规范》执行优秀奖
  • 国内外数据库收录:
  • 荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:4426