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中文摘要：
发展和改进分子模拟中的PDE模型，主要有（1）用均匀化方法得到变系数的静电Poisson和Poisson-Boltzmann方程，（2）通过引入新的物理相互作用或通过耦合连续性模拟与离散分子动力学模拟而得到的包含离子尺寸和关联效应的静电与扩散模型等。同时，发展和实现稳定高效求解多物理耦合方程组的数值方法、快速边界元静电计算的多核多线程并行、以及对非线性PDE(s)的有限元计算的MPI大规模并行，达到对我们以上发展的基于PDE模型的分子模拟的高效计算。另外，发展数值求解PDE(s)所需要的分子网格生成方法，改进分子表面网格的质量，研究产生立体网格的新方法，并实现网格生成的并行化。
结论摘要：
英文主题词Biomolecular simulation；Physical mathematical models；PDE；High efficient computing；Homogenization
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