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胡萝卜类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析
  • ISSN号:1000-6346
  • 期刊名称:《中国蔬菜》
  • 时间:0
  • 分类:S512.1[农业科学—作物学]
  • 作者机构:曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心,生物资源与食品工程学院,云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖655011
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31460179); 云南省高校云南特境内生菌资源的开发与利用科技创新团队项目
中文摘要:

为了全面了解胡萝卜基因组中类甜蛋白家族基因结构和蛋白功能,利用胡萝卜基因组数据库,通过生物信息学方法对筛选的32个胡萝卜类甜蛋白家族成员进行鉴定、聚类及结构功能分析。结果表明:胡萝卜类甜蛋白家族基因分布在8条染色体上,该家族蛋白保守性较强。系统发育分析显示,胡萝卜类甜蛋白家族属于10个进化组,其中进化组5中的基因主要来自1号染色体,该组成员具有抑菌潜力,值得深入研究。

英文摘要:

This study analyzed and identified gene structure and phylogenesis of 32 carrot thaumatin- like proteins through genome database and bioinformaties method. The results showed that the carrot TLP genes distributed on eight out of nine chromosomes, the protein sequences were more conserved. The phylogeny analysis showed that carrot TLPs were classified into 10 evolutionary groups, most members of group fifth derived from chromosome one, which have potential antifungal activity.

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期刊信息
  • 《中国蔬菜》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:农业部
  • 主办单位:中国农业科学院蔬菜花卉研究所
  • 主编:祝旅
  • 地址:北京中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgsc@caas.cn
  • 电话:010-68919550
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6346
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2326/S
  • 邮发代号:82-131
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖,第三届全国优秀农业期刊一等奖,中国期刊方阵双百期刊,第二届全国优秀科技期刊二等奖,全国农口学会优秀科技期刊奖,第一届全国优秀科技期刊二等奖,农业部优秀科技期刊奖,北京市全优期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:19201