生态脆弱区农业产业结构优化既要考虑区域的产业优势、资源禀赋,更要考虑到经济对资源环境的压力,优选出既具有区位比较优势又对生态环境影响相对较小的产业作为重点发展的产业,是生态脆弱区实现经济可持续发展的根本,也是产业结构调整优化的必然选择。利用区位商方法分析了云南省怒江州1990—2011年农业产业结构,林业和畜牧业是怒江州具有比较优势的产业,也是生态环境影响系数较小、生态效应较好的产业,将林业和畜牧业作为怒江重点扶持发展的产业。