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非相关线性判别分析用于蛋白质组数据的分类及特征挑选
  • ISSN号:1001-4160
  • 期刊名称:《计算机与应用化学》
  • 时间:0
  • 分类:Q51[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]华东理工大学分析测试中心,上海 200237, [2]青海师范大学化学系,青海西宁810008
  • 相关基金:国家自然科学基金(20975039)资助项目
中文摘要:

提出一种非相关线性判别分析(ULDA)结合统计卡方检验(CHI2)的方法用于蛋白质组质谱数据的分类及特征挑选.首先以卡方检验为过滤器去除无类间差别的变量,然后用ULDA进行样本分类与特征筛选.通过对两组数据的分析,最终选择出的特征变量在这两组数据中的特异性分别为98.2%和95.74%,灵敏度均为100%.结果表明本文提出的方法能较好地处理变量数很大的蛋白质组数据,同时表明最后选择的特征变量有可能作为潜在的生物标记物,为相关疾病的早期诊断提供线索.

英文摘要:

A uncorrelated linear discriminant analysis (ULDA) combined with Chi-squared (CHI2) method was proposed in this paper and was used to classification and feature selection for proteomic MS data. The method uses CHI2 method as a filter for eliminates the irrelative variables for classification firstly, and then performs ULDA for sample classification and feature selection. After analysis for 2 datasets, the selected variables obtained 98.2% and 95.74% specificity respectively, and 100% sensitivity for both. It can be inferred from the results that it is possible to differentiate between control and cancer samples using the proposed approach, it is also possible that the selected variables can be regard as potential biomarkers that provide clues for disease earlier detection.

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期刊信息
  • 《计算机与应用化学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院过程工程研究所
  • 主编:王基铭
  • 地址:北京中关村北二街1号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:jshx@home.ipe.ac.cn
  • 电话:010-62558482
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-4160
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3763/TP
  • 邮发代号:82-500
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院优秀期刊三等奖,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,1998年中国科技期刊影响因子工程类第二名,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:9060