在4个中国梅花鹿(Cervus nippon)种群45个样品的335bp线粒体DNA控制区序列中,共发现25个变异位点,并定义了8种单元型.AMOVA分析表明,中国梅花鹿种群间出现了显著的遗传分化(Φst=0.744,P〈0.05),但种群的遗传距离与地理距离间没有显著的相关性(P〉0.05).系统进化关系分析也显示了中国梅花鹿单倍型的系统地理格局与地理分布区或亚种划分之间不存在明显的相关性.基于最大似然法和最大简约法及最小跨度网络图的系统进化分析均表明单倍型聚类对应于中国、日本南部和日本北部的3个单系,其中中国大陆种群和日本南部的梅花鹿之间亲缘关系较近,与日本北部种群则较远,而中国台湾种群与中国东北和四川种群间的亲缘关系较近,与华南种群较远.