随着市场经济体制的不断深化,国防科技重大工程对国民经济的辐射作用日益增大,通过组织不同类型的参与主体组建创新联盟进行协同创新已成为当前科技创新的有效途径。以国防科技重大工程为例,从管理主体的角度,提出政府推动型、主承包商型和项目管理办公室型等3种协同创新联盟模式,探讨并明确联盟成员之间的行政链接和契约链接关系。最后,提出完善协同创新联盟组织模式的建议。