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拟松材线虫组织蛋白酶基因Bmcath1的序列分析与转录水平检测
  • ISSN号:1000-2006
  • 期刊名称:《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:S763.16[农业科学—森林保护学;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037, [2]江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室、南京林业大学林学院,江苏南京210037
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31270683); 江苏高校自然科学研究重大项目(11KJA220002); 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
中文摘要:

拟松材线虫组织蛋白酶基因Bmcath1是一个在松材线虫与拟松材线虫中差异表达的基因,为了解该基因的生物学功能,对Bmcath1基因进行了生物信息学分析。笔者使用BioEdit、SignalP 4.1、BLASTP、MEGA 4.0等软件对Bmcath1基因进行了生物信息学分析,发现Bmcath1 cDNA序列全长1 294 bp,含有一个长度为1 158 bp的开放阅读框。由Bmcath1基因编码的蛋白质CATH1含有386个氨基酸,分子质量为42??38 ku,等电点为8.52。蛋白质CATH1存在一个Peptidase_C1A subfamily功能域结构,在不同物种上的氨基酸序列多样性丰富。采用Real-Time PCR方法对不同培养方式获得的拟松材线虫中Bmcath1基因的表达量进行检测,发现该基因在分离自黑松的拟松材线虫中高量表达,据此推测拟松材线虫Bmcath1基因可能在线虫处于松树体内生长、繁殖时发挥更为重要的作用。

英文摘要:

Cathepsin geneBmcath1 ofBursaphelenchus mucronatusis differentially expressed betweenB. xylophilusandB. mucronatus. In order to understand its biological function, bioinformational analysis was conducted using software Bi-oEdit, SignalP 4.1, BLASTP and MEGA 4. 0. The result showed that the full-length cDNA ofBmcath1 was 1 294 bplong, which included an ORF of 1 158 bp. The deduced amino sequence of CATH1 contained 386 amino acids with mo-lecular mass of 42.38 ku and pI of 8.52. Protein CATH1 contained a Peptidase-C1 A conserved domain. The amino se-quences of cathepsins varied between different species. With the method of real-time PCR, gene expression profilingshowed thatBmcath1 expressed much more inB. mucronatusseparated fromPinus thunbergiiseedlings comparing withexpression level ofBmcath1 in monoxenic culture nematodes. The result suggested that function ofBmcath1 may be relat-ed to infection process ofB. mucronatus.

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期刊信息
  • 《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:曹福亮
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  • 邮编:210037
  • 邮箱:xuebao@njfu.edu.cn
  • 电话:025-85428247 85427076
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2006
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1161/S
  • 邮发代号:28-16
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学术期刊一等奖、江苏省自然科学学报...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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