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烟草基因组中AGO蛋白的生物信息学分析
  • ISSN号:1001-8581
  • 期刊名称:《江西农业学报》
  • 时间:0
  • 分类:S572[农业科学—烟草工业;农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]浙江农林大学农业与食品科学学院,浙江临安311300, [2]贵州省烟草科学研究院烟草行业分子遗传重点实验室,贵州贵阳550081, [3]黑龙江省农业科学院作物研究所,黑龙江哈尔滨150086
  • 相关基金:国家自然科学基金项目“烟草抗马铃薯Y病毒相关miRNA的筛选与功能分析”(31360431)
中文摘要:

对在NCBI上登录的烟草AGO蛋白(argonaute proteins)的信息进行了整理,并对其组成成分、系统发育树、信号肽、跨膜结构域、细胞定位、亲水性/疏水性、蛋白质的二/三级结构等进行了预测和分析。结果表明:在烟草基因组中共有22个AGO蛋白,可分为8类;烟草的AGO蛋白与拟南芥的AGO一样在进化上分为3个分支,其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、无信号肽/导肽的亲水性蛋白,α-螺旋散布于整个蛋白质中,具有PAZ和PIWI两个特征结构域。此外,烟草的AGO2/4/7/16/PNH1定位在细胞核中,AGO10定位在细胞质中,AGO5定位在线粒体中。

英文摘要:

This study summarized the information of tobacco argonaute(AGO) proteins which were registered in NCBI,and predicted and analyzed their compositions,phylogenetic tree,signal peptides,transmembrane domain,subcellular localization,hydrophobicity,hydrophilicity,and secondary/tertiary protein structure. The results showed that 22 AGO proteins existed in the genome of tobacco,and they could be divided into 8 categories. Like the AGO proteins in Arabidopsis thaliana,the AGO proteins in tobacco had 3 branches in phylogenetic tree; these AGO proteins were hydrophilic proteins without both transmembrane domain and signal peptides,and they possessed two characteristic domains(PAZ and PIWI) with α-helix spreading in the secondary structure of the protein. In addition,the AGO2/4/7/16/PNH1 of tobacco was positioned on nucleus,AGO10 was positioned on cytoplasm,and AGO5 was positioned on mitochondrion.

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期刊信息
  • 《江西农业学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江西省农业科学院
  • 主办单位:江西省农业科学院 江西省农学会
  • 主编:马岩波
  • 地址:江西省南昌市南莲路602号农业科学院
  • 邮编:330200
  • 邮箱:jxny@163.com
  • 电话:0791-87090630 87090763
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-8581
  • 国内统一刊号:ISSN:36-1124/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 江西省优秀期刊,全国优秀农业期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,中国中国科技核心期刊
  • 被引量:24809