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基于盒维数原理计算蛋白质的分形维数
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP391.41[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]天津大学化工学院化学工程研究所,天津300072, [2]天津大学化学工程联合国家重点实验室,天津300072
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.20976125)、863(No.2008AA10Z318)、教育部新世纪优秀人才(2008)和科学技术研究重点(No.108031)资助项目.
中文摘要:

蛋白质表面的粗糙性和内部结构的不规则性具有明显的分形特征.依据直观的盒维数原理对PDB库中收录的典型酶蛋白、球蛋白和膜蛋白共72种蛋白质的分形维数进行了简洁地模拟计算.数据表明:蛋白质的分形维数(Df)介于1~3之间;分形方法可定量描述蛋白质分子结构的复杂性,即Df值越大,蛋白结构越复杂;Df与残基数的不同步性证明蛋白质分子并不是简单的肽段堆积,而是存在特定的空间结构;同功能酶蛋白具有相近的Df值表明分维是区别于各种宏观参量而对蛋白质微观结构与功能进行表征的有用工具.

英文摘要:

Proteins with rough surfaces and irregular structures are characteristic of fractal nature. Fractal dimensions of a set of 72 proteins including typical enzyme, globulin and membrane protein selected from PDB database were calculated based on the principle of intuitive box dimension. The results showed that fractal dimensions of proteins were between 1 and 3, and the more complicated structure a protein has, the larger value of fractal dimension the protein is, so the fractal theory could be used to quantitatively describe the complexity of proteins structure. The discordance between fractal dimensions and the number of residues demonstrated that proteins not only were composed of peptide chains, but also had the specifically spatial structure. The close Dfvalues of the enzymes with similar function indicated that Df, differed from a variety of macro-parameters, was a useful tool for the characterization of micro-structure and function of proteins.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694