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蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因5'侧翼区多态性在广东汉族人群中的分布
  • ISSN号:1004-616X
  • 期刊名称:《癌变.畸变.突变》
  • 时间:0
  • 分类:R135[医药卫生—劳动卫生;医药卫生—公共卫生与预防医学]
  • 作者机构:[1]广东省营养膳食与健康重点实验室,中山大学公共卫生学院,广东广州510080, [2]中山大学附属第一医院,广东广州510080
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30771832 81072334); 教育部科学技术研究重点项目(109126) 教育部博士点基金项目(20090171110052)
中文摘要:

目的:探讨蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因PPP2RIA启动子区的遗传多态性在中国南方汉族人群中的分布特征。方法:随机选取部分广东汉族人群,获取全血基因组DNA。PCR扩增获得PPP2RIA基因5′-侧翼区的目的片段产物直接再测序,筛查并确证潜在的基因多态性位点,采用HaploView软件进行该人群多态性等位基因分布频率的分析、并与HapMap结果进行分布特征比较。结果:PCR扩增和成功测序63例健康人(126条染色体)PPP2RIA基因-1 844~+201nt的目的片段,序列比对发现该人群中6个已知多态性位点及其人群最小等位基因频率分别为-1 039 G〉T(+Ins)(rs10414793,但其中T等位基因型含有29个碱基片段的插入)(8.73%)、-568 G〉A(rs1864007)(25.40%)、-241 -/G(rsl 1453459)(26.90%)、+87 T〉C(rs13344984)(7.94%)、+107 -/C(rs3833207)(30.16%)和+108 A〉G(rs1 7554825)(7.94%);且其中2个位点在该人群中的分布与HapMap公布的国外人群数据存在不同(P〈0.05);同时,该人群中还发现-512 G〉A(2.38%)的潜在新多态性位点。结论:筛查PPP2RIA基因5′-侧翼区在中国广东汉族人群中多态性位点的等位基因分布,为进一步开展多态性功能性分析提供基础。

英文摘要:

OBJECTIVE:To investigate the distribution of potential genetic polymorphisms in the promoter region of the protein phosphatase 2A-Aαsubunit gene(PPP2R1A) in Guangdong Han population.METHODS:Genomic DNA samples were obtained from randomly selected healthy Cantonese subjects.Direct resequencing was applied to identify and to confirm the polymorphism sites in the 5'-flanking region of PPP2R1A.Allele frequencies of the potential genetic variants in the studied population were analyzed by HaploView Software and compared with HapMap data. RESULTS:63 DNA samples(126 chromosomes) from the subjects(all Han Chinese) were completely re-sequenced with the PCR amplicons of target gene locus at(-1 844)-(+201) nt fraction.Six single nucleotide polymorphism(SNP) sites(with the MAF),-1 039 G〉T(+Ins)(rs10414793)(8.73%),-568 G〉A(rs1864007)(25.40%),-241 -/G(rs11453459)(26.90%), +87 T〉C(rs13344984)(7.94%),+107 -/C(rs3833207)(30.16%) and +108 A〉G(rs17554825)(7.94%),were confirmed.The frequencies of 2 polymorphism sites in our study were different from other foreign populations reported in HapMap data (P〈0.05).Meanwhile,a noval potential SNP site,-512G〉A(2.38%),was identified in the current study. CONCLUSION:The PPP2R1A gene polymorphisms in 5'-flanking region and their allele frequencies were identified for the first time and reported in the general Guangdong Han population of Southern China.It provides the basis for further functional analysis of these polymorphism sites.

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期刊信息
  • 《癌变.畸变.突变》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国环境诱变剂学会
  • 主编:程书钧
  • 地址:广东省汕头市新陵路22号汕头大学医学院
  • 邮编:515041
  • 邮箱:office@egh.net.cn
  • 电话:0754-88900267
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-616X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1063/R
  • 邮发代号:80-285
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊
  • 被引量:6443