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乌拉尔甘草EST资源的SSR信息分析
  • ISSN号:1000-1719
  • 期刊名称:《辽宁中医杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R2-03[医药卫生—中医学]
  • 作者机构:[1]中央民族大学生命与环境科学学院,北京100081, [2]中国中医科学院中药研究所,北京100700, [3]中国农业科学院作物科学研究所,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金(30801554,81110108011);高等学校学科创新引智计划(2008-B08044);中央民族大学985工程(MUC98504-14,MUC98507-08),中央民族大学青年教师科研基金(MUC0239);中国博士后基金资助项目(20110490556);北京市生物实验教学示范中心项目
中文摘要:

目的:为了在乌拉尔甘草中开发功能性EST-SSR分子标记,分析乌拉尔甘草EST-SSRs特征。方法:从NCBI公共数据库中下载乌拉尔甘草EST序列,运用DNAstar软件中的SeqmanPro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20bp的二、三、四、五核苷酸4种类型的SSR,统计分析乌拉尔甘草EST-SSR的特征。结果:从NCBI公共数据库中下载50666条乌拉尔甘草EST序列,剔除冗余序列,得到全长为9.28×10。bp的无冗余EST序列11100条。在这些序列中搜索出752条EST序列含有963个SSR,占无冗余EST序列的8.68%,平均每9.64kbEST出现1个SSR位点。二核苷酸重复基元SSR出现频率最高(43.dl%),其次是三核苷酸(41.95%),AG/TC、GA/CT和CTT/GAA是二、三核苷酸中的优势重复基元。乌拉尔甘草EST-SSR以4-10次重复为主,基序长度主要集中于20-30bp。结论:乌拉尔甘草EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSR具有较高的可用性。本文通过对乌拉尔甘草EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发乌拉尔甘草的SSR功能性标记提供了候选序列。

英文摘要:

Objective : This study investigated EST - SSRs feature in EST resource of Glycyrrhiza uralensis which is a kind of Chinese medicine and wildly used in clinical practice. Methods : EST database of Glycyrrhiza uralensis downloaded from NCBI website was analyzed by DNAstar to get rid of redundant EST sequences. SSRIT software was employed in screening SSRs in these non - redundant EST sequences. The characters of Glycyrrhiza uralensis EST - SSR were analyzed by statistical methood. Results :A total of 50,666 ESTs of Glycyrrhiza uralensis were downloaded from the database of NCBI. After the preprocession, 11,100 nonredundant EST sequences that totaled 9.28 ·106 bp length were obtained. 963 SSRs were distributed in 752 EST sequences, which accounted for 8.68% of the 11,100 non - redundant ESTs. The average density of SSR was 1 SSR/9.64 kb EST sequence. In the SSRs,the di -nucleotide repeat motif was the most abundant(43.41% ) ,followed by tri -nucleotide(41.95% ). AG/TC, GA/CT and CTF/GAA were the main types of motif in drinu cleotide repeats. The repeat number of Glycyrrhiza uralensis EST - SSR was mainly 4 - 10 and motif length of them mostly ranged from 20 bp to 30 bp. Conclusion:The EST - SSRs are abun- dant in Glycyrrhiza uralensis and highly feasible in theory. This research might lay the foundation for designing the targeted EST - SSR primers and developing EST - SSR molecular markers by mining the information of EST - SSR loci in Glycyrrhiza uralensis EST sequences data.

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期刊信息
  • 《辽宁中医杂志》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:辽宁省卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:辽辽宁中医药大学
  • 主编:张立德
  • 地址:沈阳市皇姑区崇山东路79号
  • 邮编:110032
  • 邮箱:lnzy@vip.163.com
  • 电话:024-31207233
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1719
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1128/R
  • 邮发代号:8-87
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国生物医学核心期刊,中国中医药优秀期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:51754