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鸭肝炎病毒新血清型基因组序列分析
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:《微生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学] S858.32[农业科学—临床兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]中国农业大学动物医学院,北京100193
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30471283)
中文摘要:

通过鸭肝炎病毒F株的测序分析研究了鸭肝炎病毒基因组间的变异情况,为鸭肝炎病毒病的防治提供线索。结果表明DHV-F具有DHV-Ⅰ所具有的基本特征此外还有如下特点:1)DHV-F 5′UTR含有8个茎环结构,且有2个GNRA基序、A/C富含区、U/C富含区、A富含环和U富含环;2)2C蛋白基序DDLxQ中的亮氨酸被苯丙氨酸(192~196 aa)所替代;3)3D蛋白基序PSG中的脯氨酸被半胱氨酸(280~282 aa)所替代;4)预测表明3D蛋白具有“指、拇指和掌”的空间构象,且具有一个大的开放性的中间槽;5)3D蛋白所有保守基序位于蛋白亚基的内层;6)DHV-F的多聚蛋白P2和P3与DHV-Ⅰ的相应蛋白片段有较高的同源性,而与P1的同源性相对较低。说明鸭肝炎病毒DHV-F有抗原性变异。

英文摘要:

This study was performed to analyze the status of genome variations among different viral strains for practical clues for the prevention and treatment of duck viral hepatitis. The genome of DHV-F was sequenced and analyzed and found to have typical picornavirus organization and unique properties as reported. In addition, several features were found as follows: 1)the 5'UTR of DHV-F contains eight stem-loops with two GNRA motifs, A/C and U/C rich regions and A-and U-rich Ioops; 2)The leucine in motif, DDLxQ of 2C are replaced by phenylalanine at amino acid 192- 1963 3)The proline in motif, PSG of 3D protein is replaced by cysteine at amino acids 280 - 282; 4)the 3D protein has a conformation with fingers, thumb and palm domains, and a large and exposed central clef; 5)All conserved motifs in 3D protein are located in the inner layer of subdomains; 6)DHV-F has relatively high similarity with other DHV-1 strains in regions P2 and P3, and relatively lower similarity in region of VP1 by SimPlot analysis. These indicate that DHV-F has antigenic variations.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807516
  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879