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荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异鉴定与分析
  • ISSN号:0366-6964
  • 期刊名称:畜牧兽医学报
  • 时间:2014.4.15
  • 页码:524-532
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]甘肃农业大学动物科学技术学院,甘肃兰州730070, [2]甘肃省现代养猪工程技术研究中心,甘肃兰州730070, [3]重庆市畜牧科学院,重庆荣昌402460
  • 相关基金:重庆市基本科研业务费项目(2013cstc-jbky-00105-zj,14402); 国家自然基金项目(31372284,31601930); 甘肃省科技重大专项项目“高繁殖力猪新品系选育研究”(092NKDA036)
  • 相关项目:中国荣昌猪遗传性听力缺陷家系致聋基因定位
中文摘要:

【目的】对miR-15b靶基因进行预测、信号通路分析及鉴定,以期为miR-15b的功能研究奠定基础.【方法】利用Target Scan Release 7.0,PicTar和PITA数据库对miR-15b靶基因进行预测,再用DAVID数据库对预测出的靶基因集进行功能富集分析(gene ontology-analysis)及信号转导通路富集分析(KEGG pathway analysis).随后利用双荧光素酶报告试验对预测出miR-15b的靶基因丙酮酸脱氢酶激酶4(PDK4)和CD28进行验证.【结果】3个软件共同预测出miR-15b的靶基因有305个,其靶基因集合功能富集于蛋白激酶活性、GTP结合蛋白调控等分子功能,蛋白氨基酸磷酸化、细胞周期调控等生物学过程及微管相关复合体、转录因子复合体等细胞组分上.信号转导通路则显著富集于癌症相关信号通路.双荧光素酶报告实验结果显示CD28为miR-15b的靶基因,而PDK4不是miR-15b的靶基因.【结论】miR-15b在细胞增殖、凋亡和细胞周期调控等过程中发挥重要调控作用,且miR-15b通过调控CD28的表达对T细胞的受体激活发挥调控作用.

英文摘要:

【Objective】To predict,analyze and certificate target genes of miR-15 bwith the aim of providing certain basis for the functional research of miR-15 b.【Method】The target genes of miRNA-15 bwere screened through Target Scan Release 7.0,PicTar and PITA databases.Subsequently,bioinformatic analysis of these target genes were performed by Gene Ontology analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway analysis(KEGG Pathway analysis)by DAVID database.Dual Luciferase Reporter gene assays were used to certificate.【Result】There were 305 target genes were predicted by the three databases,and the gene set mainly located in protein kinase activity,purine nucleoside binding(GO molecular function),protein amino acid phosphorylation,regulation of cell cycle(GO biology process)and microtubule associated complex,transcription factor complex(GO cellular component).The KEGG Pathway analysis demonstrated that the gene set mostly was located in Pathways in cancer.The result of Dual-luciferase re-port experiment showed that CD28,but PDK4 was the target gene of miR-15 b.【Conclusion】miR-15 b plays a significant role in cell proliferation,cell apoptosis and cell cycle regulation,which can regulate coreceptor activity of T cells by targeting CD28.

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期刊信息
  • 《畜牧兽医学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国畜牧兽医学会
  • 主编:文杰
  • 地址:北京海淀区圆明园西路2号中国农科院畜牧所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:xmsyxb@263.net
  • 电话:010-62815987 62816996
  • 国际标准刊号:ISSN:0366-6964
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1985/S
  • 邮发代号:82-453
  • 获奖情况:
  • 1992年北京优秀期刊奖,1998年、2000年在全国畜牧兽医优秀期刊评比中获一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21857