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人类组成型和可变外显子的密码子偏性及聚类分析
  • ISSN号:0439-8114
  • 期刊名称:《湖北农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q52[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]内蒙古科技大学数理与生物工程学院,内蒙古包头014010
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(61271448)
中文摘要:

通过计算人类组成型外显子和可变外显子的RSCU值,对两种外显子的RSCU值进行了比较。结果表明,除了UAG、UGA、UAA 3个终止密码子外,两种外显子的密码子偏性都是相同的。对30条可变外显子和30条组成型外显子序列的RSCU值进行聚类分析,聚类结果不能把两种外显子区别开,证明两种外显子之间的密码子偏性是相同的。对这60条序列的HI进行了聚类分析,聚类结果没有把两种外显子分开。所以外显子序列中没有组成型剪接和可变剪接的信息。

英文摘要:

RSCU of the constitutive exons and alternative exons of human were calculated.Two kinds of exons RSCU values were compared.The results showed that every codon bias was the same in two kinds of exons,except three stop codons(UAG,UGA,UAA).30 constitutive exon sequences and 30 alternative exon sequences were selected to calculate RSCU values of them.The cluster analysis did not distinguish two kinds of exons,proving that the codon biases were the same between the two kinds of exons.HI of the 60 sequences were calculated and used to cluster analysis.It was not able to separate the two kinds of exons.It is indicated that there is no constitutive splicing and alternative splicing information in the exon sequences.

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期刊信息
  • 《湖北农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:湖北省农业科学院
  • 主办单位:湖北省农业科学院 华中农业大学 长江大学
  • 主编:焦春海
  • 地址:武汉市武昌南湖瑶苑1号省农业科学院内
  • 邮编:430064
  • 邮箱:hbnykxxzz@126.com
  • 电话:027-87389334
  • 国际标准刊号:ISSN:0439-8114
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1255/S
  • 邮发代号:38-21
  • 获奖情况:
  • 国家期刊奖,全国农业核心期刊,湖北省优秀期刊,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:30537