家庭土地承包经营权与集体土地所有权之间的关系是他物权与自物权之间的关系在农地产权关系上的具体体现,二者之间的关系在本质上应当是所有权权能分离导致的权利主体之间的利益关系。本文通过法理分析以及实践运行总结发现,二者之间存在以下主要问题:权利主体之间地位不平等,缺乏对集体土地所有权代理主体行为的有效约束;权利之间的权能边界不清晰,存在权利冲突;权利之间的权能配置不合理,家庭土地承包经营权实现途径缺乏可靠保障。按照他物权与自物权的关系架构,作者提出:规范集体土地所有权代理人的权利,创新家庭土地承包经营制度;加快法律制度建设,明确权利之间的权能边界;优化权利之间的权能配置,完善家庭土地承包经营权权能等是理顺家庭土地承包经营权与集体土地所有权关系的现实路径。