DNA含量检测是流式细胞仪最早且目前仍然是其最为广泛的应用之一.原理是用荧光物质标记细胞DNA,流式检测的荧光强度即代表细胞内DNA的多少,由于细胞在不同时期的DNA含量的不同,故可以将细胞周期分为二倍体期(G0/G1期),四倍体期(G2/M期)和S期(处于二倍体和四倍体间的过渡期),通常用荧光染料PI(碘化丙啶,水溶性,488nm激发)标记细胞,然后用流式细胞仪进行检测,根据荧光的强弱判断检测的细胞在周期中不同时期的分布。