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分子动力学并行算法的优化与应用
  • ISSN号:1001-3695
  • 期刊名称:计算机应用研究
  • 时间:0
  • 页码:718-720
  • 语言:中文
  • 分类:TP3[自动化与计算机技术—计算机科学与技术] TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]东南大学机械工程学院,南京210096, [2]东南大学MEMS教育部重点实验室,南京210096
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(50506008,50475077) 致谢:本文的测试工作得到了东南大学计算机科学与工程学院高性能计算中心的支持,在此表示衷心感谢.
  • 相关项目:纳米流体导热机理的分子动力学与实验研究
中文摘要:

比较了小型机群中模拟小规模粒子系统采用原子分解和区域分解算法的模拟时间。针对原子分解算法,优化了各进程粒子的受力计算,尤其对严重影响并行效率的全局通信进行了优化,最终使得并行效率提高了30%以上。使用该优化算法对固态氩的导热系数进行了计算,模拟结果与实验值比较吻合,大大缩短了时间。

英文摘要:

This paper compared the simulation time of adopting atom-decomposition algorithm and domain-decomposition algo- rithm when simulating small-scale atom system in small-scale cluster. According to the atom-decomposition algorithm, optimized the force calculation of every processer and global communication which affected the parallel efficiency seriously, And it would enhance the parallel efficiency to more than 30%, At last calculated the thermal conductivity of solid argon by the use of the optimized algorithm, The simulation results are very consistent with the experimental ones, and the simulation time has reduced much.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编:刘营
  • 地址:成都市成科西路3号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:arocmag@163.com
  • 电话:028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-3695
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:60049