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江淮水牛线粒体D-loop区和Cytb基因遗传多态性及系统发育分析
  • ISSN号:0366-6964
  • 期刊名称:畜牧兽医学报
  • 时间:0
  • 页码:701-707
  • 分类:S823.83[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医] S813.3[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]中国农业大学动物科技学院,北京100193, [2]安徽科技学院动物科学学院,凤阳233100
  • 相关基金:自然科学基金(30901015); 国家科技支撑课题(2011BAD28B02); 安徽省国内访问学者资金资助
  • 相关项目:中国及东南亚水牛类群的分子种质特征和遗传分化研究
中文摘要:

为研究安徽江淮水牛群体的分子种质特性,本试验测定了江淮水牛2个亚群共82个个体的线粒体D-loop区和细胞色素b基因完整序列,分析了序列遗传多态性及系统进化关系,并结合GenBank中已发表的141条中国水牛D-loop序列,进行了联合分析。结果在D-loop区内共发现核苷酸多态位点91个,组成104个单倍型,其中32个是在江淮水牛中新发现的单倍型。总体mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.015 43±0.001 42),单倍型多样性为(0.948±0.009)。其中,江淮水牛的mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.014 89±0.002 32),单倍型多样性为(0.955±0.013),表明其群体遗传多样性丰富,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。根据线粒体D-loop区单倍型构建系统树和进化网络,显示江淮水牛存在沼泽型水牛线粒体支系A和B,表明其具有2个线粒体母系来源,其中B支又分为b1和b2两个亚支;针对细胞色素b基因的进化分析也支持这一结论。这些研究结果为今后开展江淮水牛遗传资源的保护和利用提供了客观依据。

英文摘要:

To study the molecular germplasm characteristics of Jianghuai buffalo,the genetic diversity and phylogeny of mitochondrial DNA D-loop region and the complete sequence of cytochrome(Cyt b) gene of 82 Jianghuai buffaloes sampled from two subpopulations were investigated.These data were analyzed together with the published D-loop sequences of 141 Chinese buffaloes in GenBank.A total of 104 haplotypes and 91 nucleotide polymorphic sites were identified.Thirty-two D-loop haplotypes were newly found only in Jianghui buffalo.The estimated overall nucleotide diversity and haplotype diversity were(0.015 43±0.001 42) and(0.948±0.009),respectively.The genetic variability of Jianghuai buffalo was similar with those of other Chinese buffalo populations,with nucleotide diversity to be(0.014 89±0.002 32) and haplotype diversity to be(0.955±0.013),which indicated the rich mitochondrial genetic diversity in this population.Phylogenetic tree and network analysis revealed two mtDNA lineages,the A and B lines of swamp buffaloes,and the B line could be further divided into sub-lineages of b1 and b2,which indicated that at least there were two maternal swamp buffalo origins in Jianghuai swamp buffalo population.The results based on the phylogenetic analysis of Cytb gene also supported this conclusion observaed in the D-loop region of Jianghuai buffalo.These findings lay a foundation for conservation and utilization of Jianghuai buffalo genetic resources in the future.

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期刊信息
  • 《畜牧兽医学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国畜牧兽医学会
  • 主编:文杰
  • 地址:北京海淀区圆明园西路2号中国农科院畜牧所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:xmsyxb@263.net
  • 电话:010-62815987 62816996
  • 国际标准刊号:ISSN:0366-6964
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1985/S
  • 邮发代号:82-453
  • 获奖情况:
  • 1992年北京优秀期刊奖,1998年、2000年在全国畜牧兽医优秀期刊评比中获一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21857