位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
鱼类干扰素调节因子IRF4亚家族进化及分化分析
  • ISSN号:1671-4652
  • 期刊名称:《扬州大学学报:农业与生命科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学] S917.4[农业科学—水产科学]
  • 作者机构:[1]长江大学湿地生态与农业利用教育部工程研究中心,湖北荆州434020
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31101928);长江大学优秀青年教师科研基金资助项目(CYQ201305)
中文摘要:

为比较干扰素调节因子(IRF)4、IRF8、IRF9和IRF10在硬骨鱼类中的进化和分化情况,构建系统进化树,并采用非同义替代(Ka)与同义替代(Ks)的比值计算这几种基因在硬骨鱼类中进化率。结果表明:IRF4、IRF8、IRF9和IRF10在进化树上各成一支,硬骨鱼类IRF4进一步分化为IRF4a和IRF4b。4个基因的Ka/Ks值均小于1,说明这些基因在硬骨鱼类进化过程中是负选择,提示在不同物种中这些基因保持原有的功能并趋于稳定。尽管如此,不同基因进化速率存在明显差异。IRF9、IRF10、IRF4a、IRF4b和IRF8进化率分别为0.50、0.30、0.20、0.25和0.15。充分表明在硬骨鱼类进化过程中IRF8、IRF4a和IRF10分化程度低,而IRF46和IRF9分化程度高。

英文摘要:

IRF4, IRF8, IRF9 and IRF10 belong to IRF4 subfamily in interferon regulatory factor family. The phylogenetic tree and evolutionary rate of IRF4, IRF8, IRF9 and IRF10 were compared in the study, which would elucidate the conservation and diversification in evolution about the four genes in bony fishes. Evolutionary rate was calculated with the ratio of nonsynonymous to synonymous substitution rates (Ka/Ks). The results showed that IRF4, IRF8, IRF9 and IRFIO clustered to a group respectively and IRF4 genes were consisted of IRF4a and IRF4b. The average Ka/Ks ratios of four genes in IRF4 subfamily among different bony fishes were all less than 1, indicating they were under purifying selection. However, evolutionary rate between them was different. The Ka/Ks ratio was about 0.50, 0.30, 0.20, 0.25 and 0.15 for IRF9, IRF10, IRF4a, IRF4b and IRF8, respectively. All these data proved that IRF8, IRF4a and IRF10 showed higher conservation while IRF4b and IRF9 presented higher diversification in bony fish.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《扬州大学学报:农业与生命科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:扬州大学
  • 主编:焦新安
  • 地址:江苏省扬州市大学南路88号
  • 邮编:225009
  • 邮箱:
  • 电话:0514-87991323
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-4652
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1648/S
  • 邮发代号:28-9
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5357