位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
一种改进的基因序列匹配算法
  • ISSN号:2095-347X
  • 期刊名称:《网络新媒体技术》
  • 时间:0
  • 分类:TP391.41[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:四川大学计算机学院,成都610064
  • 相关基金:国家重点研发计划(2016yfb0800604,2016yfb0800605); 国家自然科学基金项目(61572334)
中文摘要:

提出了一种基于BM算法的改进字符串精确匹配算法。该算法采用双向匹配,充分考虑文本串中当前失匹字符、模式串尾字符与文本串对应的字符、模式串尾字符与文本串对应字符的下一个字符三者之间的关系,同时,在失匹时先不进行跳跃,而是根据当前失匹字符或模式串尾字符对应文本字符的下一个字符预先判断下一次跳跃后文本窗口的尾字符与模式串尾字符是否相同,然后再决定模式串的跳跃距离。从实验结果可知,当改进的算法用于DNA比对时,改进的算法比BM算法、BMHS算法性能更优。

英文摘要:

In this paper,an improved pattern string mactching algorithm based on BM algorithm is proposed. The algorithm adopts bidirectional matching,considering the current mismatching character in a text string and the last character of the pattern string corresponds to the character of the main string and the next character of the relationship between the three,at the same time,the jumping is not carried out in the case of losing a match,but the next character of the text character corresponding to the current mismatched character or pattern string character is preliminarily judged whether the tail character of the text window is the same as the pattern string character after the next jump,and then determine the jump distance of the pattern string. The experimental result show that the improved algorithm is better than the BM algorithm and BMHS algorithm when the improved algorithm is used for DNA alignment.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《网络新媒体技术》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院声学研究所
  • 主编:倪宏
  • 地址:北京海淀区北四环西路21号
  • 邮编:100190
  • 邮箱:xmt@dsp.ac.cn
  • 电话:010-82547906
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-347X
  • 国内统一刊号:ISSN:10-1055/TP
  • 邮发代号:2-304
  • 获奖情况:
  • 1990年获海洋出版社优秀期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊
  • 被引量:200