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第一性原理方法预测水相核酸碱基及其代谢物的氧化还原电动势
  • ISSN号:1000-6818
  • 期刊名称:《物理化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]上海大学化学系,上海200444
  • 相关基金:supported by the National Natural Science Foundation of China(20902056); Innovation Foundation of Shanghai University China(A.10-0101-08-423); Leading Academic Discipline Project of Shanghai Municipal Education Commission China(J50101)
中文摘要:

氧化还原电动势是了解核酸中电荷/电子转移过程以及设计具有新型氧化还原活性的碱基类化合物的重要参数.本文对82个芳香化合物的氧化还原电动势进行理论预测,通过计算值和实验值的比较发现:气相采用B3LYP/6-311++G(2df,2p)//B3LYP/6-31+G(d)方法,液相采用HF-COSMORS/UAHF方法,对运用HF-CPCM/UAHF方法在水相重新优化的构型计算溶剂化能,能有效预测芳香化合物水相氧化还原电动势,该理论方法计算的绝对均方根误差(RMSD)为0.124V.运用该理论方法成功预测了属于芳香化合物的核酸碱基及其代谢物的水相氧化还原电动势.根据预测结果,讨论了核酸中电荷/电子转移过程以及结构改变对设计具有新型氧化还原活性的核酸碱基类化合物的影响.本文为设计具有氧化还原活性的新型核酸碱基类化合物提供了一种理论方法.

英文摘要:

Redox potentials are of importance in understanding the charge/electron transfer processes involved in nucleic acids.In this study,the protocol of the B3LYP/6-311++G(2df,2p)//B3LYP/6-31+G(d) in gas phase and the HF-COSMORS/UAHF for the solvation energy calculations at the HF-CPCM/UAHF re-optimized solution geometries in aqueous solution,as implemented in the Gaussian 03 programs,has been established to predict the redox potentials of the aromatic compounds in aqueous solution.In comparison with the 82 experimental redox potentials,the root mean square deviation (RMSD) is only 0.124 V.This scheme has been employed successfully to calculate the redox potentials of various nucleobases and the metabolites.The structural and charge/electron transfer impact on the redox potentials was discussed.The implications to the design of new redox-active nucleobase derivatives were suggested.

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期刊信息
  • 《物理化学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京大学化学与分子工程学院承办
  • 主编:刘忠范
  • 地址:北京大学化学楼
  • 邮编:100871
  • 邮箱:whxb@pku.edu.cn
  • 电话:010-62751724
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6818
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1892/O6
  • 邮发代号:82-163
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24781