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东方百合ISSR-PCR反应体系的正交优化
  • ISSN号:1000-2006
  • 期刊名称:《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q948[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京210037
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30972407); 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
中文摘要:

以东方百合‘Constanta’和‘Sorbonne’以及9份‘Constanta’בSorbonne’的F1代为试材,采用改良的CTAB法提取百合嫩叶DNA,利用正交设计L16(45)对东方百合ISSR-PCR反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs和引物5种因素在4个水平上进行优化试验,采用直观分析结合方差分析评价扩增结果。最终获得的最佳反应体系为:在20μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶0.5μmol/min、Mg2+1.75 mmol/mL、模板DNA 40~100 ng、dNTPs 0.15 mmol/mL、引物0.6μmol/L、10×PCR Buffer 2μL,不足部分以ddH2O补足。在获得最佳反应体系的基础上采用单因素实验确定了引物最佳退火温度范围为55~45℃,最佳循环次数为30次以及延伸时间为1.5 min。应用该优化的反应体系,对‘Constanta’和‘Sorbonne’以及9份‘Constanta’בSor-bonne’的F1代DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系具有较高的扩增稳定性。

英文摘要:

‘Constanta' and ‘Sorbonne' and 9 F1 hybrids of ‘Constanta' × ‘Sorbonne' were used as materials in this experiment,and a modified method of CTAB was applied to extract the genomic DNA from the young leaves.The orthogonal design L16(45)was used to optimize the ISSR-PCR system for oriental lily at four levels and five factors,namely,DNA polymerase,Mg2+,DNA template,dNTPs and primers.The results of PCR were evaluated by intuitive and variance analysis.Results showed that the best reaction system was 20 μL reaction solution,containing 0.5 μmol/min Taq DNA polymerase,1.75 mmol/mL Mg2+,40-100 ng template DNA,0.15 mmol/mL dNTPs,0.6 μmol/L primers,2 μL 10×PCR buffer and ddH2O.Using single factor experiment design,we found that 55-45 ℃ was the best touch down PCR annealing temperature,the best cycle times was 30 and the best extend time was 1.5 min.The stabilization of the optimized reaction system was tested by using ‘Constanta' and ‘Sorbonne' and 9 F1 hybrids of ‘Constanta' × ‘Sorbonne'.

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期刊信息
  • 《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:曹福亮
  • 地址:南京市龙蟠路159号南京林业大学学报编辑部
  • 邮编:210037
  • 邮箱:xuebao@njfu.edu.cn
  • 电话:025-85428247 85427076
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2006
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1161/S
  • 邮发代号:28-16
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学术期刊一等奖、江苏省自然科学学报...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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