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一种基于复合物参与度的关键蛋白质预测方法
  • ISSN号:1000-5900
  • 期刊名称:《湘潭大学自然科学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP274[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—检测技术与自动化装置]
  • 作者机构:[1]广东开放大学计算机学院,广东广州510091, [2]中南大学信息科学与工程学院,湖南长沙410083, [3]深圳市中兴移动通信有限公司,广东深圳518057
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(61232001);广东开放大学基金项目(1307)
中文摘要:

针对在交互网络上的关键蛋白质识别通常只关注节点在拓扑层面上的一些特性,但关键蛋白质识别过程中有必要结合蛋白质功能方面的信息,提出了一种基于复合物参与度的关键蛋白质预测方法DPC(Degree of Participation in Complexes),该方法考虑节点在复合物中邻居节点的数量,综合了蛋白质在复合物内部以及在全局总体上的拓扑特性.在酵母蛋白质网络上的实验结果表明,DPC在关键蛋白质识别率方面明显优于其他六种经典的节点中心性拓扑参数,并且DPC能够识别出参与多个复合物的蛋白质,与关键蛋白质的生物意义相吻合.

英文摘要:

Considering the identification of essential proteins in the interaction network tended to focus only on topological characteristics of the nodes, however, it is necessary to combine information about protein function to identify the essential proteins. A new method for predicting essential proteins based on degree of participation in protein complexes named DPC(Degree of Participation in Complexes) is proposed. The method considers the number of neighbors inside protein complexes, the topological characteristics of nodes both inside their protein complexes and in the whole network is considered. The experimental results in yeast protein interaction networks show the number of essential proteins discovered by DPC universally exceeds that discovered by other six classical centrality measures. Moreover, DPC can identify proteins which participate in multiple complexes. This result consistent with the biological significances of essential proteins.

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期刊信息
  • 《湘潭大学自然科学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:湖南省教育厅
  • 主办单位:湘潭大学
  • 主编:黄云清
  • 地址:湖南湘潭市
  • 邮编:411105
  • 邮箱:jxtus@xtu.edu.cn
  • 电话:0731-58292143
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5900
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1066/N
  • 邮发代号:42-33
  • 获奖情况:
  • 全国优秀科技期刊,湖南省一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4425