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四种栎树EST-SSR信息分析
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:《基因组学与应用生物学》
  • 时间:0
  • 分类:Q939.5[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学森林资源与环境学院,南京210037, [2]浙江农林大学风景园林与建筑学院,杭州311300
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31370666); 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)共同资助
中文摘要:

为开发栎属遗传多样性检测的SSR标记,分析了蒙古栎、无梗花栎、夏栎和欧洲栓皮栎EST-SSR的特点,结果表明蒙古栎的EST中3 209.46 bp有一个SSR,无梗花栎中每6 160.36 bp有一个SSR、夏栎中每5 883.30 bp有一个SSR,欧洲栓皮栎中每6 129.12 bp有一个SSR。蒙古栎、无梗花栎、夏栎和欧洲栓皮栎EST-SSR的平均长度分别为21.65 bp、21.1 bp、20.66 bp和20.65 bp。四种栎类中不同基元的EST-SSR的分布频率具有非常一致的特征,均是二基元、三基元和六基元的SSR分布频率最高,达20%以上。而四基元和五基元的SSR在四个种类中的分布不到0.05%。二基元的SSR中大于1%的SSR均是AG、CT、TC、GA、AT、TA基元,并且在蒙古栎、无梗花栎和夏栎中AG、CT、TC基元的分布频率最高,而在欧洲栓皮栎中是TC、GA、AG的分布频率最高;三基元的SSR中,含CAA、GAA、TCT、CTT的SSR在四种栎类中都存在。六基元的SSR中大于1%在四种栎类中出现的类型均较少,为0~4种。

英文摘要:

In order to develop SSR marks for genetic diversity detection in Quercus, the characters of EST-SSR of Quercus mogolica, Quercus petraea, Quercus robur and Quercus suber were estimated. Results showed the average SSR density was one SSR per 3 209.46 bp of Q. mogolica, one SSR per 6 160.36 bp of Q. petraea, one SSR per 5 883.30 bp ofQ. petraea, one SSR per 6 129.12 bp ofQ. suber, and the average SSR length was 21.65 bp, 21.1 bp, 20.66 bp, and 20.65 bp, respectively. The dinucleotide, trinucleotide repeats and the hex nucleotide repeats were the most abundant detected of the four species, the value of each kind of the three repeats type accounted for more than 20%. However, the tetranucleotide pentanucleotide repeats accounted for less than 0.05%. AG, CT, TC, GA, AT, and TA motifs were the dinucleotide repeats that detected in all the four species. AG, CT, TC motifs were the most abundant in Q. mogolica, Q. petraea, Q. robur, and in Q. suber TC, GA, AG were the most abundant. Among the trinucleotide repeats CAA, GAA, TCT, CTT motifs were detected in all the four species. The type ofhexnucleotide repeats that accounted for more than 1% in the four species was small, with 0-4 types only.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299