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SH3结构域序列集的统计耦联分析
  • ISSN号:1000-6818
  • 期刊名称:《物理化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学] Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京100124
  • 相关基金:北京市自然科学基金(4092008,4112010)资助项目
中文摘要:

基于蛋白质可折叠性和热稳定性具有长程相关性(Hp耦联性)的事实,使用改进的统计耦联方法分析了SH3结构域序列集中存在的祸联性信息.结果表明统计耦联方法采用的保守性统计能量可以较好地评估SH3结构域序列集的位点保守性,具有高平均耦联能量的位点可以基本上对应一些结构或功能上具有重要意义的位点.对统计耦联数据的一些位点扰动个案分析揭示出SH3结构中包含非紧邻扰动和紧邻扰动模式.统计耦联方法结合聚类重排可以对SH3折叠型序列群体中结构核心与非结构核心的位点进行区分,甚至可以区分其中几个功能相关位点的细节差异.SH3结构域中包含了一系列的扰动模式,不同的扰动模式涉及不同的位点组合:各种扰动模式通过一些共有的扰动位点和扰动响应位点相互影响,并最终决定结构中各位点的耦联响应模式.这些耦联信息对于理解蛋白质的序列与结构和功能的关系,以及设计新的蛋白序列有潜在价值.

英文摘要:

Given the long range correlation characteristics of information about protein foldability and thermostability the multiple sequence alignment of a SH3 domain was analyzed using the modified statistical coupling analysis (SCA) method. Results show that the statistically conserved energy from the SCA method could be used to evaluate the site conservation of the SH3 sequence set properly. Sites with a high average coupling energy correspond to structurally and functionally important positions. Perturbing analysis on several sites revealed local and nonlocal perturbing modes in the SH3 domain. By combining the SCA and the clustering reorder method the structural core and the non-structural core sites of the SH3 domain, and detailed differences between several functional sites could be distinguished. Different perturbing modes that involve different sites exist in the SH3 domain. By sharing the common perturbing sites and the responding sites, different perturbing modes can interact. The coupling responding mode of all the sites in the structure was thus determined. Coupling information about the SH3 domain can improve our understanding about the relationship between the protein sequence and its structure as well as its function. It is also valuable in new protein design.

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期刊信息
  • 《物理化学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京大学化学与分子工程学院承办
  • 主编:刘忠范
  • 地址:北京大学化学楼
  • 邮编:100871
  • 邮箱:whxb@pku.edu.cn
  • 电话:010-62751724
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6818
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1892/O6
  • 邮发代号:82-163
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24781