位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
一种模糊相似关系的基因表达数据聚类方法
  • ISSN号:1002-8331
  • 期刊名称:《计算机工程与应用》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]北华大学科研处,吉林132013, [2]江南大学物联网工程学院,江苏无锡214122
  • 相关基金:国家自然科学基金(the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60674029)
中文摘要:

对于时间序列的基因表达数据,传统的聚类算法都是以距离为相似性度量标准,没有考虑基因随时间变化的相似趋势。从基因变化的趋势出发,构造了一种新的模糊相似关系矩阵,提出了改进的基于模糊相似关系的聚类算法,并以该算法计算FCM的初始聚类中心。将该方法应用在酵母菌基因表达数据中,实验结果表明该算法不仅克服了FCM算法易陷入局部极小值、对初值敏感的缺点,而且能够发现一些表达模式变化趋势相似的共调控基因。

英文摘要:

For time series gene expression data,the similarity measure of traditional clustering algorithm is measured based on distance.There is no consideration the coherent trend of expression patterns gene exhibit with time process.A new fuzzy similar relation matrix is constructed and a modified clustering algorithm based on fuzzy similarity relation is proposed.On this base,a new method is used to find the initial center of FCM algorithm.The method is used in yeast gene expression data.Experimental results show that the method not only overcomes the limitation of FCM algorithm,but also identifies cell-cycle regulated genes where expression levels change periodically during the cell cycle.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《计算机工程与应用》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华北计算技术研究所
  • 主编:怀进鹏
  • 地址:北京市海淀区北四环中路211号北京619信箱26分箱
  • 邮编:100083
  • 邮箱:ceaj@vip.163.com
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-8331
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2127/TP
  • 邮发代号:82-605
  • 获奖情况:
  • 1. 2012年首批获得中国学术文献评价中心发布的 “...,2. 2001年获得新闻出版署“中国期刊方阵双效期刊”,3. 2008年首批入选国家科技部“中国精品科技期刊...,4.2003年-2011年连续获得工业和信息化部期刊最高...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:97887