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4个猪种IGF-1基因核心启动子区的克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-5684
  • 期刊名称:吉林农业大学学报
  • 时间:2013.5.5
  • 页码:587-590
  • 分类:S828[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医] Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]吉林大学动物科学学院,长春130062, [2]长春生物制品研究所,长春130062
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31101781,31072102),高等学校博士学科点专项科研基金项目(20110061110081)
  • 相关项目:西藏小型猪矮小性状与IGF-1、IGFBP-3基因结构及其在骨组织中表达规律相关性研究
中文摘要:

摘要:为了探索IGF-1基因的启动子结构特征对猪体长性状的影响,应用PCR方法从藏猪、巴马小型猪、野猪、军牧一号猪的基因组DNA中分别克隆测序了IGF-1基因启动子区序列,并结合生物信息学手段分析了不同品种猪之间启动子区转录因子结合位点数目和序列特征的差异,发现在IGF-1基因启动子区,巴马小型猪与藏猪、东北野猪、军牧一号猪相比,缺失CdxA、Nkx-22个转录因子结合位点,但比藏猪、东北野猪多了1个MZFl转录因子结合位点;藏猪、东北野猪与军牧一号猪相比,缺失1个MZFl转录因子结合位点,邻接法构建的分子进化树发现,藏猪与巴马小型猪亲缘关系最近,与东北野猪亲缘关系相对较近,但与军牧一号猪亲缘关系最远。结果表明:猪的IGF-1基因启动子结构在不同体长猪种上存在一定差异。

英文摘要:

In order to explore the structural characteristics of IGF- 1 gene promoter for long character in pigs, the IGF- 1 gene 5'UTR was amplified and sequenced from the genomic DNA in four different pig breeds: Tibet Pig, Bama miniature Pig, Northeastern Wild boar and Junmu- 1 Pig. With bioinformatics tools, characterization and comparison of these sequences from four varieties of swine were conducted. Results showed that: In IGF- 1 gene 5' end, compared with the others, Bama miniature Pig missed a possible CdxA binding site and a possible NKx - 2 binding site. Moreover, comparing Junmu - 1 Pig with Tibet Pig and Northeastern Wild boar, we found a possible MZF1 binding site in Junmu - 1 Pig. The evolutionary tree among four species, constructed by the neighbor - joining method, showed that Tibet Pig had a recently genetic relationship with Bama miniature pig; and a closely genetic relationship with Northeastern Wild boar. And the genetic relationship between Junmu- 1 Pig and the others was the far- thest. The resuhs show that the structure of IGF- 1 gene promoter is different in different body length pigs.

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期刊信息
  • 《吉林农业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:吉林省教育厅
  • 主办单位:吉林农业大学
  • 主编:秦贵信
  • 地址:吉林省长春市新城大街2888号
  • 邮编:130118
  • 邮箱:jlndxb@vjlav.edu.cn
  • 电话:0431-84532914
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5684
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1100/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 全国优秀科技期刊,全国中文农业类核心期刊,中国科技论文统计源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:16398