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杉木SSR—PCR体系优化
  • ISSN号:2096-1359
  • 期刊名称:《林业工程学报》
  • 时间:0
  • 分类:S823[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京210037, [2]福建省林业科学研究院
  • 相关基金:基金项目:国家林业公益性专项(201004049);国家自然基金重点项目(30930077);江苏省高校优势学科建设工程资助项目(PAPD).
中文摘要:

SSR—PCR反应体系优化是杉木SSR标记研究的基础。利用正交L16(4^5)设计实验对杉木SSR-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5个因素的4个水平进行优化试验。并在正交直观分析和方差分析的基础上,分别对Mg2+、dNTPs进行单因素确定。获得的最佳反应体系为:在20灿反应体系中,Mg2+浓度为1.0mmol/L,引物浓度为0.25μmol/L,dNTPs浓度为0.15mmol/L,Taq酶为0.05U/μL,DNA为30ng,10×PCRBuffer2μL,不足部分用双蒸水补齐至20μL。在最佳反应体系的基础上,采用单因素实验确定了引物的最佳退火范围为63~53℃。利用此反应体系对10个F1代杉木材料及其亲本,进行4对SSR标记进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定。说明此体系适合进一步的杉木SSR研究工作。

英文摘要:

It' s important to optimize the SSR-PCR( Polymerase Chain Reaction)reaction system firstly when doing research with SSR markers in Chinese fir. The orthogonal design of L16 (4)5 was used to optimize the SSR-PCR system for Chinese fir with four levels and five factors, namely, Mg2+, dNTPs, primer, DNA polymerase and DNA template. The results of PCR were evaluated by variance and intuitive analysis. Then, we respectively determined the concentration of Mg2+ , dNTPs, primer and annealing temperature using single factor experiment design. The results showed that the optimum reac- tion system was 20 μL reaction solution, containing Mg2+ 1.0mmol/L, dNTPs 0.15 retool/L, primer 0.25μmol/L, Tat/ polymerase 0.05 U/μL, DNA template 30 ng, 2 μL 10 × PCR buffer and adding ddH20 to 20 μL, and the annealing tem- perature was the 63 -53℃ To verify the reaction system, we used 4 pairs of EST-SSR markers to amplify l0 Fl Chinese fir plantlets and their parents, and we got clear and stable bands, which showed that the SSR-PCR system was suitable fur- ther SSR research in Chinese fir.

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期刊信息
  • 《林业工程学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:张齐生
  • 地址:南京市龙蟠路159号
  • 邮编:210037
  • 邮箱:lygcxb@vip.163.com
  • 电话:025-85427227 85427298
  • 国际标准刊号:ISSN:2096-1359
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1862/S
  • 邮发代号:28-103
  • 获奖情况:
  • "中国科技核心期刊"和"中国农业核心期刊",2001年、2002年、2007年被评为江苏省一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:168