中文摘要：

新疆拥有丰富的地方鸡遗传资源，这些鸡品种因生产性能等原因未被重视，大部分已灭绝、濒临灭绝或退化。和田地区位新疆最南端，前期调查该地区发现保留一些本土家鸡品种。为了进一步了解和田地区家鸡资源的遗传结构及联系，构建科学、系统、合理的品种资源保护方案，本研究利用微卫星及mtDNA标记分析喀喇昆仑山脚下的和田地区3个家鸡（黑鸡、麻鸡、皮山鸡）品种及邻近的巴州地区且末县和若羌县家鸡品种和群体间进行遗传多样性和起源进化。分别应用邻接法(NJ)和非加权成组配对法(UPGMA)构建系统发生树;并进行网络进化和群体扩张分析。计算群体的杂合度、等位基因数、遗传分化系数等，构建品种聚类树。应用边际多样方法，分析灭绝概率、品种贡献率、边际多样性和保护潜力，确定优先保护次序。从而揭示其遗传结构、遗传关系，为有效保护利用和田家鸡种质资源提供科学依据。

结论摘要：

新疆和田地区及邻近地区土鸡遗传资源通过mtDNA及微卫星进行遗传多样性研究。本研究分析了比较独特的“安集延鸡”mtDNA D-loop区域，安集延鸡的母系遗传多样性和母系来源。本研究采集了新疆和田地区分布的29个安集延鸡DNA样品。测定了D-loop区1231-bp序列，共检测到30个多态位点和10个单倍体型。在859-bp位置发现一个插入/缺失变异，此变异在安集延鸡中的分布频率为51.72%。单倍体型多样度（Hd）和核苷酸多样度（Pi）适中，分别为0.776和0.00614，群体内序列间核苷酸差异的平均数是 k= 7. 631。与GenBank收录的红原鸡（NC_001323）、绿原鸡（NC_007238）和灰原鸡（NC_007240）以及红原鸡里面的一些家鸡品种的D-loop第一高变区进行比对，构建进化树并计算得到安鸡与这三种原鸡的Nei氏遗传距离分别为0.007、0.059和0.075，与红原鸡遗传关系最近。 参考韩建林等发表的20个微卫星引物标记新疆南疆地区8个土种鸡（345个个体）进行遗传多样性和群体结构研究。研究结果这些土种鸡有高度的遗传多样性。研究结果发现，所有品种检测到336个等位基因，平均每个位点等位基因数16.8。20个位点的多态性信息含量介于0.444至0.911之间，具有平均价值0.729。除了座位MCW0248和LEI0234外，几乎所有的座位表现出Hardy-Weinberg遗传平衡指数显著偏差。对于8鸡种，观察到期望杂合度范围为0.5，0.677，0.656 ，0.774，安集延鸡观杂合度最低，和田黑鸡和拜城油鸡最高。各品种间的遗传多样性平均距离安集延鸡0.655到拜城油鸡0.766。在8土鸡种群体固定指数（Fit）为0.216，群体内的分化指数（Fst）为0.056，而品种间的平均近郊系数（Fis）为0.169。采用邻接法构建三大类的NJ进化树进行鉴定8个鸡种之间的关系。以安集延鸡和若羌品种在一个分支，和田黑鸡和和田麻鸡品种在第二个分支，塔什库尔干县鸡，和静鸡，阿合奇鸡和拜城油鸡在第三个分支。研究结果可以被用来作为遗传信息实施有效的保护计划，并更好地开发利用这些地方鸡种。