通过核基因组的微卫星标记多态和单核苷酸多态(SNP)、母系遗传的线粒体基因组多态、父系遗传的Z/Y染色体标记多态等全面的遗传信息开展我国主要畜禽种质资源的群体遗传结构、起源进化和遗传评估的分子生物学基础研究;通过比较分子标记和群体分子遗传结构的差异进行预测或定位我国地方畜禽品种的特色或优质基因。对核基因组、线粒体和性特异染色体的深入研究,将能够全面准确反映品种或种群(包括母系、父系或性染色体)的起源、进化和遗传结构。开展畜禽种质资源保存、评价与利用的分子遗传基础研究,无疑将为我国未来的动物分子育种实践提供理论依据。
依据项目研究计划,即对我国禽类起源、进化及遗传多样性的研究,利用核基因上的微卫星标记筛选的方法,分别得出了鸭、鹅和孔雀及孔雀和鸡的进化关联;建立了利用线粒体SNP标记进行中国鸭品种的遗传多样性评估的方法;获得并研究了鸭、鹅和鸸鹋的重要功能基因生长素前体蛋白的cDNA序列;并利用首次获得的全线粒体基因组序列对青藏高原特有牦牛品种的系统发生学进行了研究。以上成果及实验技术路线将为进一步的其他畜禽种质资源保存、评价和利用的分子遗传研究奠定基础。