核爆区地处我国戈壁沙漠,具有极端干燥、昼夜温差大、强太阳辐照等环境特点。在数十年的自然演变和适应过程中,形成了具有耐辐射、抗旱、抗寒和耐盐碱等极端抗逆能力的微生物基因资源。我们的前期研究分离到一系列耐辐射微生物菌株,开展了核辐射区土壤DNA宏基因组序列的测定工作,初步研究结果显示该极端环境具有更高复杂度的微生物类群。本项目采用系统发育分析与比较基因组学方法,分析该极端环境微生物群落特征,探索耐辐射性状在微生物中的起源、进化和传播机制;开展比较宏基因组分析,重点研究微生物的共进化和极端环境适应性,分离和鉴定一系列耐辐射、抗旱、抗寒和耐盐碱基因,为极端环境微生物进化及微生物极端抗性机制的深入研究奠定基础。
Microorganism under extremely environment;Adaptive evolution;Metagenome;Gene resource;Deversity
我国戈壁沙漠核爆区,具有极端干燥、昼夜温差大、强太阳辐照等环境特点,蕴藏着众多具有耐辐射、抗旱、抗寒和耐盐碱等极端抗逆能力的微生物基因资源。本项目在国家基金委的支持下,开展了核辐射区微生物分离鉴定及土壤DNA宏基因组序列的测定工作,分析了该极端环境微生物群落特征,探索耐辐射微生物的起源、进化和极端环境适应性,分离和鉴定一批耐辐射、抗旱、抗寒和耐盐碱抗逆功能基因,取得如下结果 1. 核爆区土样分离、筛选获得20多株耐辐射微生物,其中 8株细菌 为新的耐辐射微生物物种(相关结果发表在Plos One和IJSEM)。2. 完成了核爆区及对照样本各10 GB的土壤微生物DNA宏基因组序列的测定工作,采用系统发育分析与比较基因组学方法,分析该极端环境微生物群落特征。SSUrRNA分析结果显示,样品中微生物多样性十分丰富,核辐射区样品共预测得到110162个基因,非辐射样品共预测得到113224个基因。 3. 宏基因组数据显示,核爆区预测含有菌株1159种,对照样本预测含菌株1388种,其中辐射区特有菌株102种。辐射区菌种多样性相对较低,主要由变形菌门(42%)、厚壁门(35%)、拟杆菌门(14%)、放线菌门(8%)组成。其中拟杆菌门细菌数量较对照样本提高100倍以上,且出现了特殊的与辐射相关的微生物Deinococcus-Thermus菌门。分析结果表明,耐辐射性状微生物进化方式可能是“多起源-共进化”。 4. COG和NOG分析比较结果发现,核爆区宏基因组中碳源代谢、离子转运代谢及DNA修复相关基因含量较高,并着重对逆境胁迫响应蛋白Csp及DNA修复蛋白RecA展开研究。通过大肠杆菌异源表达筛选平台,分离、鉴定了一批耐辐射、抗旱、抗寒和耐盐碱基因(相关结果发表在AMB及中文期刊,并申请或获得多项国家发明专利)。本项目研究结果为进一步探索耐辐射性状在微生物中的起源、进化和传播机制奠定了基础。项目执行期间,在Plos One,AMB,IJSEM等期刊发表SCI论文8篇,在中文期刊发表论文8篇;申请国家发明专利5项,获得国家发明专利授权6项;培养研究生4人,其中1名博士后顺利出站,3名研究生按期答辩、毕业。