关联定位已成为发掘种质资源群体中优异基因的重要方法。本项目围绕原计划开展三个方面的研究,主要结果有1、构建一个含有150份水稻材料的核心种质群体,占原始资源群体的6.6%,该群体能够最大限度地保存原群体的遗传多样性;2、获得150份水稻核心种质群体的群体结构和连锁不平衡结构。利用STRUCTURE和PCoA分析发现,150份核心种质可划分为2个亚群(SG 1和SG 2),SG 1又可以进一步分为四个亚亚群。无论是整个核心种质群体,还是两个亚群、四个亚亚群,LD都在10-20cM区域显著衰减。有显著LD的block数量在11(SG 2)到56(整个核心种质群体)之间变化;3、发现一批新的和已报道的位点与12个产量及农艺性状显著关联。其中28个位点在08与09年均与目标性状显著关联,其中6个已报道过。与抽穗期显著关联的标记RM60遗传效应最小,为0.6%,与结实率显著关联的标记RM241遗传效应最大,为10.3%。已发表论文3篇,提交会议摘要2篇。
英文主题词rice; core collection;population structure;linkage disequilibrium;association mapping