中文摘要：

DNA-蛋白质相互作用在生命体系中行使着各种生物功能，因此研究DNA-蛋白质之间的识别规律对深入理解生命活动起着至关重要的作用。随着越来越多的DNA-蛋白复合体结构的测定, 为系统研究DNA与蛋白质之间的相互作用提供了新的发展契机，需要用新的理论和方法来表达和解释。在本项目中，我们应用复杂网络的方法，建立DNA-蛋白复合体网络结构，研究DNA-蛋白质的相互作用机制。通过计算这些网络的各种网络参量，包括度分布，聚集系数，平均最短路径，以及基于化学图论的几种新的指标等等去刻画DNA-蛋白复合体的拓扑结构并提出新的分类方法学。结合弹性网络模型，研究复合体网络的动力学性质，通过相关系数揭示DNA-蛋白质的长程相互作用，通过根均方系数识别蛋白质结合DNA的关键残基。此外，我们还将探索网络参数与动力学性质之间的内在联系，为进一步理解DNA-蛋白复合体的结构和功能探索理论和数学基础。