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基于生物信息学方法及RNA-Seq策略探索创伤弧菌sRNA及功能研究
  • 项目名称:基于生物信息学方法及RNA-Seq策略探索创伤弧菌sRNA及功能研究
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 批准号:31100960
  • 申请代码:C060703
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2012-01-01-2014-12-31
  • 项目负责人:曹源
  • 依托单位:中国人民解放军济南军区总医院
  • 批准年度:2011
中文摘要:

创伤弧菌是一类革兰氏阴性条件致病菌,易引起人类败血症和伤口感染,具有较高的致死率。目前,针对创伤弧菌调控及致病机制研究多集中在蛋白水平,而忽略了非编码小RNA(sRNA)在基因调控中所起的重要作用。为此,我们拟以创伤弧菌为研究对象,开展以下工作①采用生物信息学方法构建细菌sRNA预测模型,对创伤弧菌进行sRNA预测;②采用RNA-Seq策略检测创伤弧菌感染过程中差异表达基因,获得相关sRNA;③用Northern blot验证上述两种方法获得创伤弧菌sRNA,并对其进行功能注释,初步探索创伤弧菌感染过程中基因调控机制。该工作的开展不仅有助于我们发现、识别具有重要调控功能的创伤弧菌sRNA,为进一步研究该菌系统进化、调控方式及致病机制奠定基础,也能为其他细菌sRNA的发现和功能研究提供技术支持和借鉴。

结论摘要:

创伤弧菌是一种革兰氏阴性条件致病菌,易引起人类败血症和伤口感染,致死率较高。虽然其已有其致病分子机制相关研究,但是基于创伤弧菌sRNA的识别鉴定尚未开展。细菌sRNA是细菌基因组中一类50-500nt的小调控RNA(small regulatory RNA, sRNA),它们通过与细菌靶标mRNA或蛋白结合,在细菌的转录调节、RNA 加工与修饰、mRNA 稳定性与翻译、蛋白质降解、质粒复制和细菌感染等方面发挥重要作用。我们采用生物信息学预测和转录组测序的方式,①发现59个asRNA,102个trans RNA和1431个5’UTR调控元件;②对sRNA进行靶标预测和注释;③确定16个创伤弧菌sRNA在弧菌中具有保守性。我们还对部分sRNA进行了实验验证。同时,我们收集了文献中实验证实的细菌sRNA靶标,更新构建了数据库sRNATarBase。该工作的开展,不仅为创伤弧菌sRNA后续功能研究奠定了基础,还为其他细菌sRNA研究提供了借鉴和数据支持。


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
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