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中文摘要：
研究配体和受体分子间相互作用的动力学模拟方法，建立合理的优化模型，将演化方法、响应面方法和传统优化设计算法相结合，构造快速、稳定和高效的优化算法；通过将分子动力学求解体系从传统的欧几里德型几何形态引入到辛（symplectic）几何形态，利用对偶的混合变量构造分子动力学的辛算法，并用改造非线性项和精细积分等技术分离分子动力学微分方程的齐次解和特解，建立基于异步并行的分子动力学求解体系；将研究出的新方法集成以研制可供实用的配体和受体分子相互作用的动力学模拟软件，克服现有软件在对较大系统进行动力学模拟时出现的失真和耗时巨大的问题，可望快速有效地模拟包含数万乃至数十万原子量级的系统中分子间的相互作用和运动，为生物化学分析和药物设计服务。
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