中文摘要：

科研管理体制的自由度(freedom)是限制科研活动产出和科学创新的主要约束因子。良好的科研管理体制至少需要从科研者的需求角度出发，在人事、财务、学术等三方面保障良好的自由度，从而促进科研创新活动的产出。通过对基于国内外知名大学的多案例比较分析，对国内高校管理体制的现状及存在的问题，及其对学校科学研究和科学创新的制约进行分析归纳，依此为基准，分别对比分析国内知名研究型大学（南京大学）和国际知名研究型大学（利物浦大学）的管理体系及其对学校科学创新的推动作用。根据以自由度为基础的科研管理需求体制，从团队建设方面探讨完善人事自由度的措施；从经费管理方面探讨完善财务自由度的措施；从科研成果评价方面探讨完善学术自由度的措施。以此为基础，构建一个促进高校科学创新的系统框架结构。从而为相关部门制定改进高校的管理体系的政策提供理论支持和调研服务。

结论摘要：

我国高校科研管理的行政化是制约高校科学研究水平的关键因素之一，资源配置过程中行政权力过重甚至越权干预学术事务是造成行政化的根源。提出了改革资源配置模式实现行政与学术权力良性互动的四条建议国家通过法律和规范手段确保对教育的投入；教育部门基于大学分类、定位和水平决定国家拨付各大学教育经费多寡；教育部门向大学拨款过程中保障大学学术自主权；加强学术权力在大学内部资源配置中的决策权。