我们基于已经建立的435例MDS患者巢式病例对照研究队列(发生转白的患者为病例组,未转白的患者为对照组),结合了临床流行病学与分子生物学研究方法,采用microRNA表达谱芯片初步筛选出了由20个差异microRNA组成的子集,可将病例组和对照组明显区分开。为了提高芯片筛选的有效性,本研究拟扩大microRNA芯片检测的样本量(病例组和对照组各增加7例患者标本),并结合芯片自身对照和转白危险因素配对的芯片病例对照研究,筛选出MDS转白的特异性microRNA。基于上述MDS患者队列,我们对队列中病例组和对照组患者上述MDS转白特异性microRNA的表达水平进行real-time PCR验证,并结合MDS转白相关的临床指标,采用Cox多因素方法对筛选出的特异性microRNA进行预后分析,最终确定MDS转白的特异性microRNA,所得结论为找到早期预测MDS转白的分子标志物提供理论依据。
myelodysplastic syndrome.;microRNA;nested case-control study;leukemia;biomarker
我们基于课题组已经建立的MDS患者巢式病例对照研究队列,采用临床流行病学与分子生物学相结合的研究方法,采用microRNA表达谱芯片初步筛选出了由20个差异microRNA组成的子集,进一步的生物信息学分析最终筛选出7个MDS转白特异性microRNA,依次为hsa-miR-345,hsa-miR-1826,hsa-miR-342-5p,hsa-miR-1290,hsa-miR-1246,hsa-miR-150和hsa-miR-574-5p,其中hsa-miR-345,hsa-miR-1826,hsa-miR-342-5p和hsa-miR-1290在病例组患者中下调,hsa-miR-1246,hsa-miR-150和hsa-miR-574-5p在病例组患者中上调。基于上述已建立的MDS患者队列,在病例组和对照组余下的患者中(除外已行芯片检测的患者),按照病例对照=11的配对原则,从符合配对条件(包括年龄、性别、IPSS分组、转白时间等配对条件)的患者中,随机抽出11例患者,对上述MDS转白特异性microRNA的表达水平进行了real-time PCR验证,结果与microRNA表达谱芯片结果一致。我们进一步采用 targetscan 5.1软件对上述7个microRNA进行靶基因预测,我们发现SLC7A5基因(本课题组前期筛选出的6条MDS转白相关基因之一)是7个差异microRNA共同的靶基因。SLC7A5基因,编码氨基酸转运蛋白LAT1,参与必需氨基酸的转运。已有的研究表明,LAT1在许多人类原发肿瘤中高表达,考虑可能的原因是由于肿瘤细胞对于营养的需求持续增高所致。我们采用siRNA方法在MDS转白细胞株SKM-1细胞株中对SLC7A5基因进行了相关研究。结果发现,特异性的沉默SLC7A5基因后,SKM-1细胞系增殖能力明显受到抑制,细胞活力较阴性对照组显著降低,并可以促使SKM-1细胞从早期凋亡进入晚期凋亡和死亡。这提示SLC7A5基因被特异性的沉默或过表达后,SKM-1细胞的恶性增殖能力明显降低,表明SLC7A5基因可能通过影响MDS恶性克隆的增殖途径在MDS转白过程中起作用。我们需进一步研究SLC7A5基因的关键调节microRNA,并明确MDS转白特异性的microRNA,所得结论为找到早期预测MDS转白的分子标志物提供理论依据。